（一）计税依据中金额认定上的差异。除不纳入核定征收范围的两个税目外，其余税目在计税金额上的差异主要表现为查账征收模式考虑的是合同金额，合同签订时即应贴花，不论合同是否兑现或能否按期兑现，均要按规定贴花，对已履行并贴花的合同，发现实际结算金额与合同所载金额不一致的，一般不再补贴印花；而核定征收模式考虑的是实际发生金额，并不着重合同记载金额，这种差异是计税依据中最主要的差异。比如某建筑施工合同记载金额为100万元，施工结束后确认的审计付款金额为150万元，在查账征收模式下，按100万元贴花，增加的50万元一般不再贴花；而在核定征收模式下，则按照实际发生的150万元计算缴纳，不再考虑合同金额。
（二）非政策性的免税合同的差异。非政策性免税合同主要是指某合同属于应税合同，但在计算印花税时不到贴花金额而免税的合同。这类合同在查账征收模式下不征税，但在核定征收模式下，仍需要按照实际发生金额纳税。如某运输合同金额为150元，在查账征收模式下，因计算出的税额不到1角而免税（单张金额200元以下发票不贴花）；在核定征收模式下，仍要按照实际发生的金额计算缴纳。
（三）按一定比例征收是核定征收模式特有的征收方式。查账征收模式是按照合同金额全额计征税款，核定征收模式是按照实际发生金额征收税款。实际上，在核定征收模式下，除建筑安装合同、借（贷）款合同、财产保险合同、产权转移合同税目是按照实际发生金额全额计征外，其余税目均是按照实际发生金额的一定比例确定计税金额。如运输合同、财产租赁合同是按照实际发生金额的80%计征，就已经扣除了20%的金额。这是核定征收模式的特有。
（四）特定情况。在核定征收模式下，个别税目却按查账征收模式合同金额计税，不按核定征收模式实际发生金额计税。这类情况主要发生在流动资金周转性借款合同。由于流动资金周转性借款合同的借贷双方在签订合同时,一般是按年(期)签订,规定最高限额,借款人在规定的期限和最高限额内随借随还，因此,查账征收模式下，在签订流动资金周转借款合同时,应按合同规定的最高借款限额计税贴花，以后,只要在限额内随借随还,不再签新合同的,就不另贴印花。核定征收模式也应按这一原则处理，否则不仅直接与单行文件发生冲突，也造成纳税人的纳税负担加重。征管中要注意的两种情况：一是准确判断是否是真实的流动资金周转借款。二是企业所签订的已贴花合同到期，但因合同所载权利义务关系尚未履行完毕，需继续执行合同所载内容，即继续使用已到期合同，只要该合同所载内容和金额没有增加，无需再重新贴花。但如果合同所载内容和金额增加，或者就尚未履行完毕事项另签合同的，需要按照《中华人民共和国印花税暂行条例》另行贴花。
