（一）查补偷税应纳税额的确定
增值税一般纳税人不报、少报销项税额或多报进项税额，均影响增值税的缴纳，是偷税行为。其偷税数额应当按销项税额的不报、少报部分或进项税额的多报部分确定。如果销项、进项均查有偷税问题，其偷税数额应当为两项偷税数额之和。
一般纳税人若采取账外经营，即购销活动均不入账，而造成不缴、少缴增值税的，其偷税数额应按账外经营部分的销项税额抵扣账外经营部分中已销货物进项税额后的余额确定。此时偷税数额为应纳税额。
即：应纳税额＝账外经营部分销项税额－账外经营部分中已销货物进项税额，
已销货物进项税额＝账外经营部分购货的进项税额－账外经营部分存货的进项税额
（二）查补税款金额的确定
一般纳税人发生偷税行为，确定偷税数额补征入库时，其补税数额应根据纳税人不同情况分别处理。即：根据检查核实的一般纳税人与其全部销项税额与进项税额（包括当期留抵扣税额），重新计算当期全部应纳税额。若应纳税额为正数，应当作补税处理；若应纳税额为负数，应按《增值税日常稽查办法》的规定执行。
（三）查补税款的会计处理 增值税经税务机关检查后，应进行相应的会计调整。为此，应设立“应交税金——增值税检查调整”账户。凡检查后应调减账面进项税额或调增销项税额和进项税转出的数额，借记有关账户，贷记本账户；凡检查后应调增账面进项税额或调减销项税额和进项税额转出的数额，借记本账户，贷记有关账户；全部调账事项入账后，应结出本账户的余额，并对该余额进行处理：
1.若余额在借方，全部视同留抵进项税额，按借方余额数，借记“应交税金——应交增值税（进项税额）”账户，贷记本账户。
2.若余额在贷方，且“应交税金——应交增值税”账户无余额，按贷方余额数，借记本账户，贷记“应交税金——未交增值税”账户。
3.若本账户余额在贷方，“应交税金——应交增值税”账户有借方余额且等于或大于这个贷方余额，按贷方余额数，借记本账户，贷记“应交税金——应交增值税”账户。
4.若本账户余额在贷方，“应交税金——应交增值税”账户有借方余额但小于这个贷方余额，应将这两个账户的余额冲出，其差额贷记“应交税金——未交增值税”账户。4.若本账户余额在贷方，“应交税金——应交增值税”账户有借方余额但小于这个贷方余额，应将这两个账户的余额冲出，其差额贷记“应交税金——未交增值税”账户。
