分支机构是否要实质地参与汇算清缴是纳税人非常关注的，这一问题在新发布的《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》(国家税务总局公告2012年第57号)有了答案。
《办法》第十条规定：汇总纳税企业汇算清缴时，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。
税总同时明确涉及退税时，也可经总、分机构同意后分别抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。第十一条规定了总分支机 构汇算清缴时应报送的申报表、财务报表及其他相关资料。
从上述规定可以看出，汇算清缴的主体仍然是总机构，分支机构并不需要进行年度纳税调整，自行计算应纳税所得额和应纳税额，只是根据总机构填报的分配表中应缴应退的税款，就地申报补退税。为了保证汇缴工作的顺利进行，也需要分支机构填列年度纳税申报表，但只需要填列有限的几项，与总机构的年度纳税申报完全是两个概念。
同时，为便利就地实施税务检查，也需要分支机构报送参与企业年度纳税调整情况的说明，该说明由总机构确认后提交，涉及需由总机构统一计算调整的项目不进行说明。
