另外，除另有规定(企业合并、分立适用特殊性税务处理时亏损的继承弥补)外，境内企业之间、境内与境外企业之间、境外企业之间的盈亏不得互抵。但同一国家分支机构之间的盈亏允许互抵。企业在汇总缴纳企业所得税时，境内分支机构之间的盈亏允许互抵，境外同一国家(地区)分支机构之间的盈亏允许互抵，境外不同国家(地区)分支机构之间的盈亏也不得互抵。
资产损失追补确认出现亏损的弥补
国家税务总局《关于企业资产损失所得税税前扣除管理办法》(国家税务总局公告2011年第25号)规定，企业因以前年度实际资产损失未在税前扣除而多缴的企业所得税税款，可在追补确认年度企业所得税应纳税款中予以抵扣，不足抵扣的，向以后年度递延抵扣。企业实际资产损失发生年度扣除追补确认的损失后出现亏损的，应先调整资产损失发生年度的亏损额，再按弥补亏损的原则，计算以后年度多缴的企业所得税税款，并按前款办法进行税务处理。
例如，某企业2010年度发生资产损失100万元，当年未能扣除。2010、2011年度汇算清缴纳税调整后所得分别为80、60万元，2010年应纳税额=80×25%=20(万元)，2011年应纳税额=60×25%=15(万元)。2012年3月，企业向税务机关申请追补扣除该资产损失。为此，2010年度纳税调整后所得=80-100=-20(万元)，无须纳税;2011年度应纳税额=(60-20)×25%=10(万元)。则该企业2010、2011年分别多缴企业所得税20万元、5万元。
查增应纳税所得额可弥补以前年度亏损
国家税务总局《关于查增应纳税所得额弥补以前年度亏损处理问题的公告》(国家税务总局公告2010年第20号)规定，税务机关对企业以前年度纳税情况进行检查时调增的应纳税所得额，凡企业以前年度发生亏损、且该亏损属于企业所得税法规定允许弥补的，应允许调增的应纳税所得额弥补该亏损。弥补该亏损后仍有余额的，按照企业所得税法规定计算缴纳企业所得税。
例如，某企业经税务机关检查后需调增2011年应纳税所得额100万元，该企业以前年度存在亏损。假设企业2010年度自行申报应纳税所得额50万，弥补以前年度亏损50万元，累计结转可在以后年度弥补的亏损额50万元。则调增的所得额100万元可用于弥补以前年度亏损50万元，盈余的50万元应按适用税率补缴企业所得税。
被投资企业的经营亏损不得在投资方弥补
国家税务总局《关于企业所得税若干问题的公告》(国家税务总局公告2011年第34号)第五条第二款规定，被投资企业发生的经营亏损，由被投资企业按规定结转弥补;投资企业不得调整减低其投资成本，也不得将其确认为投资损失。
