物流企业（已被认定为交通运输企业或物流辅助企业者，以下统称“物流企业”）采购车辆的用途比较复杂，有的用于行政和办公，有的用于生产经营，还有的商务车参与生产经营，较典型的是一些物流企业，由于货车无法进城（一线大城市居多），于是该企业改用金杯、依维柯等商务车来配送货物。还有些物流公司有200辆商务车辆，其中190辆参与生产经营。“营改增”后企业购置商务车，进项税额如何抵扣？因各种原因营运车辆提前报废又适用哪些规定？相关的企业所得税如何处理？
一、商务车参与生产经营（货物运输服务），进项税额如何处理
根据《财政部、国家税务总局关于在上海市开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的通知》（财税[2011]111号）第二十四条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：自用的应征消费税的摩托车、汽车、游艇，但作为提供交通运输业服务的运输工具和租赁服务标的物的除外。
按照2009年1月1日起实施的消费税暂行条例，金杯、依维柯轻型客车及系列专用车属于“中轻型商用客车”，应征收消费税。如果物流企业自有的该类车辆是用于非交通运输业务（非生产经营）的，所取得的增值税专用发票一律不得抵扣。如果物流企业该类车辆是用于生产经营（用于交通运输）的，根据财税[2011]111号文件的规定，可以抵扣进项税额。
为了减少涉税风险，企业要有充足的证据说明所拥有的“金杯”、“依维柯”等商务车是用于自身货物运输的，比如车辆行车日志、货物装载原始记录单、驾驶员工作单、运输合同、客户签收单等。同时，企业要将参与货物运输的商务车车牌号和运输合同及时向主管税务机关报告并得到确认。
二、交通运输车辆非正常报废，已抵扣的进项税额如何处理
交通运输企业因车祸导致的整车报废，如何处理已抵扣的进项税额？根据增值税暂行条例和实施细则的规定，非正常损失所抵扣的进项税额要作进项税额转出。因发生车祸而引起的整车报废，是否属于“非正常损失”呢？对此，《财政部、国家税务总局关于印发〈营业税改征增值税试点方案〉的通知》（财税[2011]110号）和财税[2011]111号文件都没有直接的规定，增值税暂行条例实施细则第二十四条规定，增值税暂行条例第十条第（二）项所称非正常损失，指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。从税法法理上看，因车祸引起的整车报废，不属于车辆“被盗、丢失、霉烂变质”，因此，不能定义为“非正常损失”。可见，根据目前相关税法规定，因车祸导致的整车提前报废，不作进项税额转出。
