问：我单位向A公司购买牛皮纸17吨，运费由对方负担，C公司负责运输。但C公司处置不当，造成2吨牛皮纸损失。A公司开具17吨货物发票索要货款，C公司向我单位缴纳2吨损失费。我公司应该按17吨还是15吨入库？是否要申报损失？增值税进项税额可否转出？
答：根据《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》规定，你公司以上业务属于存货毁损，应做损失处理。该损失应按规定的程序和要求，以专项申报方式向主管税务机关申报后方能税前扣除。这一损失的损失金额，为其计税成本扣除残值及责任人赔偿后的余额，应依据以下证据材料确认：存货计税成本的确定依据；企业内部关于存货报废、变质、残值情况说明及核销资料；涉及责任人赔偿的，应当有赔偿情况说明；该项损失数额较大的（指占企业该类资产计税成本10%以上，或减少当年应纳税所得、增加亏损10%以上），应有专业技术鉴定意见或法定资质中介机构出具的专项报告等。
《增值税暂行条例》第十条规定，非正常损失的购进货物及相关的应税劳务，以及《条例》第（一）项至第（四）项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费用的进项税额，不得从销项税额中抵扣。《增值税暂行条例实施细则》第二十四条规定，条例第十条第（二）项所称非正常损失，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。
根据以上规定，由于存货发生的损失，对外运输企业已赔偿损失，你公司实际也收到15吨牛皮纸，涉及的进项税额应当转出，并按照《财政部、国家税务总局关于企业资产损失税前扣除政策的通知》第十条规定“企业因存货盘亏、毁损、报废、被盗等原因不得从增值税销项税额中抵扣的进项税额，可以与存货损失一起在计算应纳税所得额时扣除”进行处理。
