由于主管税务机关对已竣工验收的房地产开发项已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的，即可要求纳税人进行土地增值税清算，因此尾房销售是普遍存在的。
此外，房地产开发企业在清算之前将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，这部分也未列作清算内容，这也导致相当一部分房企已清算项目还存在部分未售待售尾房现象。
对于清算后的尾盘发生销售如何申报缴纳土地增值税问题值得引起重视。
房企土地增值税清算后尾房销售，应根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）的第八条规定，在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算（单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积）。纳税人已清算项目继续销售的，应在销售的当月进行清算，不再先预征后重新启动土地增值税清算。
这是因为，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。也就是说，土地增值税是以一个项目为单位进行的清算，对属于同一清算单位所发生的房地产开发成本费用是不得从其他的房地产开发项目中扣除，对同一项目也不能作为两个清算单位，所以，对一个开发项目清算后，剩余的房产再转让不能再单独作为一个清算单位计算土地增值税。
