在规范和加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理方面，国家税务总局从源泉扣缴管理到股权转让所得确认等方面出台了许多相关文件。在众多文件中，有两个文件值得纳税人特别注意。
第一个文件是《非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法》，该文件主要内容为规范非居民企业所得税源泉扣缴管理。这一文件明确了税收扣缴的主体和具体应该承担的扣缴责任，股权转让双方都必须注意相关规定。
该文件值得纳税人特别注意的内容有三个方面。第一，转让股权的非居民企业的责任。股权转让交易双方均为非居民企业且在境外交易的，取得所得的非居民企业应自行或委托代理人向被转让股权的境内企业所在地主管税务机关申报纳税。第二，被转让股权的境内企业的责任。股权转让交易双方均为非居民企业且在境外交易的，被转让股权的境内企业在依法变更税务登记时，应将股权转让合同复印件报送主管税务机关；被转让股权的境内企业应协助税务机关向非居民企业征缴税款。第三，这一规定从2009年1月1日开始执行。
源泉扣缴责任重大，特别是非居民企业转让国内企业股权涉税金额巨大，事关国家利益。纳税人若忽略相关规定而没有履行扣缴义务，将会受到税务部门的严厉处罚。
第二个文件是《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》，该文件发文的目的是规范和加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理，且针对的转让交易为非居民企业转让中国居民企业的股权，在股权转让所得计算方法等方面有明确的规定，对纳税人有较强的指导和规范作用。
股权转让所得的确认。股权转让所得是指股权转让价减除股权成本价后的差额。具体来说，股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额。如果被持股企业有尚未分配的利润或税后提存的各项基金等，不得从股权转让价中扣除。股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。
股权转让所得的计算。在计算股权转让所得时，以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权转让价和股权成本价。如果同一非居民企业存在多次投资的，以首次投入资本时的币种计算股权转让价和股权成本价，以加权平均法计算股权成本价；多次投资时币种不一致的，应按照每次投入资本当日的汇率换算成首次投资时的币种。
境内外所得的划分。境外投资方（实际控制方）同时转让境内或境外多个控股公司股权的，被转让股权的中国居民企业应将整体转让合同和涉及本企业的分部合同提供给主管税务机关。如果没有分部合同的，被转让股权的中国居民企业应向主管税务机关提供被整体转让的各个控股公司的详细资料，准确划分境内被转让企业的转让价格。如果不能准确划分的，主管税务机关将选择合理的方法对转让价格进行调整。
