有关审计教材十分强调对大额的、异常的往来账项进行函证的重要性，并将函证作为实质性测试的一种重要方法。但在实际审计过程中，我们发现对往来账进行函证的审计结果很不理想。主要表现在：回函率极低(甚至为零);回函金额与被审计单位账面金额不一致并没有注明原因;可能通过现代化通讯工具与对方单位统一口径;提供虚假错误的地址;等。这些因素的存在必然使函证的作用大打折扣，而凸显采用其他替代方法对往来账目进行审计的重要性。这些替代方法除了上述符合性测试外，还应做到： 严格审核各种原始单据的真实性、合理性; 结合企业的经营特点、管理特点证实往来账的真实性、合法性; 通过前后期往来账金额的增减变动情况摸清往来业务的真实性、合法性等。也就是说，审计往来账项时，要减少对函证的使用量和使用面并降低对它的期望，重点使用符合性测试及其他实质性测试程序，努力降低审计风险。
对母子公司、公司内部二级单位所发生的往来账项，要在余额与数额上高度关注。
这些往来账项就是我们常说的关联方交易。由于存在内部人控制及集团公司的股权控制关系，这些关联交易很可能也较容易出现种种违纪违规问题。主要体现在： 套取关联企业资金;人为调节利润幅度;随意拆借资金;变相侵吞企业资产等。这些情况会导致企业无原则使用资金，从而造成资产的损失和滋生各种腐败现象，因此是往来账审计时的重点内容和高风险领域。
当这些内部往来账的余额不符时，就更加剧了上述风险的存在。笔者在审计一家大型企业的往来账时，发现母公司“其他应收款”账中一明细科目的余额与其投资的一小型全资子公司“其他应付款”账之间的明细科目余额不符。在对这一母子关系的往来账进行深入检查后，发现了一个游离于母子公司之外的、发生额达1300余万元的小金库，其资金来源主要是以各种名目从母公司套取的现金。可见，在较熟悉的环境中，更容易从事一些违法乱纪的活动，所以对关联公司的往来审计，不能因子公司已经被其他单位审计过或因为是内部单位就麻痹大意、掉以轻心。
对于有些往来账的明细科目可以采取适当的简化程序，以取得事半功倍的效果。
1.通常，挂在“其他应付款”科目中的住房公积金、社会统筹养老金、社会统筹补充养老金、社会统筹医疗保险金及有些不在“应交税金”科目中核算的税款、国家行政部门的罚没款等，挂在“其他应收款”科目中的税款保证金、税票押金、法院的质押款物及向土地部门的土地出让金等，这些款项都有其特定的用途，而且受有关权威部门的检查和认定。因此，对这类明细科目在实质性审计时，可适当简化。
