（1）缺乏自主知识产权。对内资企业来说，不重视知识产权的保护，或者不想公开自己的有关技术，大多数企业都没有知识产权的战略意识，这也间接影响了部分实质上符合高新认定要求的企业申请高新；对外资企业来说，因为其母公司多在境外，虽然内部可许可其中国公司使用相应技术，但是很少会把其相应的知识产权全球独占给中国公司，这也给外企企业申请高新带来了巨大的困难。
（2）研发项目缺乏科学的设计和安排。高新认定申报的项目需要符合高新申报领域的要求，且因为评价指标中对科技成果转化有数量要求，因此要求企业对研发项目进行科学的设计和安排，一方面满足实质的高新技术的要求，另一方面也要满足数量的要求。
（3）研发费用未按认定办法的要求归集，且比例难以达到认定要求。高新认定办法的研发费用归集与企业的财务处理不太一致，需要企业重新根据高新认定的要求进行归集，归集后有些企业的研发费用比例就很难达到认定的要求。
（4）高新产品或服务收入比例较低。有些大规模的集团企业，其销售的产品或服务种类众多，但是并不是所有的产品或服务都能归属到高新技术的领域里去，所以会导致有些企业总收入较高，但是高新产品或服务的收入较低，达不到认定所需要的比例要求。
（5）缺乏严格规范的研发体系和相应的组织管理安排。现代化的企业管理制度要求企业内部职能完备，分工明确，并有完善的制度管理，认定办法中对研发组织管理水平也有相应的指标要求，对于一些管理较为不规范的企业来说，需要在申报之前进行调整。
（6）评审的机制和程序越来越严苛。受08年金融危机的影响，税收额度没有达到既定的目标，这就促使高新认定的初审和复审都趋向严格并且科技部抽查的力度也在加大。
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