计算机会计信息系统中的审计线索主要以两种方式存在：一种是肉眼看得见的审计线索，如输入的原始凭证、记账凭证等原始文件，打印出的会计账簿、会计报表等；另一种是肉眼看不见的审计线索，如存储在软盘或硬盘上的会计数据库资料等，这两种审计线索相互交叉、相互补充，共同构成会计系统的数据库，为了更有效地审计计算机会计系统，在系统设计和开发过程中必须提出审计要求，系统的各种数据文件都应留下审计线索，除应保证会计数据文件的打印输出外，还应将会计数据文件以可审计的形式进行存储保留。审计人员可利用计算机方便地获取被审计单位计算机会计信息系统中的数据文件，通过必要的数据转换，使其成为审计人员可识别的数据文件形式，再进行各种数据的重新组合和处理，以达到审计目的。
2. 扩大了审计的内容和范围
会计实现电算化以后，由于电算化会计信息系统的特点，审计人员除了对原有的审计范围和内容进行审计外，还应审计以下事项：①审查和检测系统程序；②审查系统本身是否合规、合法；③对系统的内部控制制度进行评审，如人员控制、职责控制、输入控制、修改控制等；④审查是否建全了机房管理制度，如机房安全管理制度等。
3. 改变审计的技术方法
审计人员应该把电子计算机当作一种有力的审计工具来使用。另外采用计算机辅助审计方法可以更迅速、有效地完成审阅、核对、分析、比较等各项审查内容，提高审计的效率和质量。
4. 影响了审计标准和准则
计算机会计信息系统中，由于审计的对象有了重大的变化，审计线索、审计技术方法也受到影响而发生了变化，应建立与新情况相适应的宴请准则。美、日、英等国都制定了有关计算机审计的审计准则，国际审计准则中，对此也有专门的条款，详细说明了计算机审计的范围、目标、程序、技术及方法。我国的《中国注册会计师独立审计准则》中也有涉及到计算机辅助审计的内容，但针对日益发展的电算化会计信息系统及随之而出现的一系列新问题、新情况，审计准则中尚存在许多空白。所以应建立相应的新的审计标准和准则，如电算化审计人员培训考核标准、电算化管理信息系统开发审计准则及其内部审计准则、审计应用软件标准等。
5. 提高了对审计人员素质的要求
由于电算化信息系统的环境比手工处理的信息系统更为复杂，因此要求审计人员必须具有计算机、电算化信息系统和会计、审计等知识和技能。同时要求建立起新的岗位责任制和严格
的内部控制制度。如岗位可分为系统管理员、操作员、凭证审核员、系统维护员等。虽然会计软件增加了安全可靠性措施，但这并不意味着审计人员可以降低工作难度、降低对自身素质的要求。面对会计电算化的高速发展，我国大部分审计人员对其并不太熟悉，加之计算机犯罪也呈上升趋势，许多存在的问题不易发现。因此，要求审计人员不仅要具备传统审计技能，还要具备丰富的计算机软、硬件知识，如系统分析、系统设计、程序设计、系统测试等相关知识，甚至要求有制定相应的审计程序能力，同时提高对各种信息的分析和处理能力，从而提供真实、正确、完整、高效的审计信息。
