我国现有农村集体经济审计模式主要是农业部门主管下的农村集体经济审计站审计模式。全国各省市已出台的农村集体经济审计相关条例中明确规定，县级以上人民政府农业行政主管部门负责本行政区域内的农村审计工作。这种审计模式的主要特点是行政型。由于是在农业行政主管部门的领导下开展工作，因而不可避免地带有明显的行政主导色彩，随意性较大，缺乏专门审计的权威性和独立性。因此在总结现有审计模式的局限性和问题后，结合我国的现状，探索一种行之有效的新模式，即一种综合独立型和行政型双重特点的模式：直接由国家审计机关主管，建立统一的农村经济审计中心，承担乡镇各村的财务审计监督和配合经济责任的追究工作。这样既能克服农村经济审计站审计独立性缺失对审计监督力度的影响，又能增强审计的权威性。具体设计如下：
(一)领导体制设计农村经济审计中心直接接受县级审计机关和县级政府的双重领导，以县级审计机关的垂直领导为主，而不再由农业部门进行主管;这种领导体制将使得审计层次和独立性得到有效提升，审计力度得到有力加强，有利于政府合理安排财政收支计划。
(二)组织机构设计县级及以上政府授权建立统一的农村经济审计中心，作为审计机关的派出机构，统一受理乡镇各村集体经济组织的审计任务，但是最终领导权由国家审计机关掌握;农村经济审计中心在各个行政村下设审计处，审计处至少有两名专业人员组成，审计处主要负责行政村平时财务收支、资金运动的审计，并定期向农村经济审计中心报告。
(三)人员编制安排一是农村经济审计中心的人员由国家审计局按照“公开、平等、竞争、择优”的原则公开招考、择优录用，对于考核合格者由审计机关颁发审计证，采取持证上岗;并由审计机关定期的进行业务培训、考核，其工资及福利由县级审计机关统一支付。农村经济审计中心人员只对审计机关负责，有效保证了监督的独立性。二是审计处人员可以由农村经济审计中心指派，有条件的地方也可以与“大学生当村官”项目结合，向每一个行政村委派一名相关专业的大学生与其他指派人员组成审计处负责日常审计，并就相关问题向村委提出建议，兼任审计和顾问双重角色;审计处人员的工资、薪金直接由县级审计机关按规定统一支付;审计处人员直接对农村经济审计中心负责并向其报告。
(四)审计经费安排对于农村经济审计中心和审计处所需的日常审计经费列入县级财政预算，由财政统一支付，以保证专款专用。
