中小企业在规模、组织结构和业务管理等方面与大企业有不同的特点，因此在构建内部控制体系时，不能简单照搬大企业做法，为帮助小型公司建立高效经济的财务报告内部控制制度，COSO在2006年6月份发布《小型上市公司财务报告内部控制指南》。
一、中小企业内控与大型企业内控特点的差异
中小企业一般规模较小，盈利能力有限，更加关注增加企业收入、降低生产成本、扩大市场份额等指标，对于不能立即带来经济效益的内控工作不够重视。与大型企业相比，中小企业内部控制具有以下特点：(1)人员较少、组织结构相对简单，一个员工可能同时兼任几个岗位，并且岗位的职权职责往往比较模糊，不相容职责分离难以有效保证;(2)管理层往往更加重视经营，对财务报告内部控制不够重视或不太熟悉;(3)过于依赖核心人员，企业的资源掌握在关键人员手上，较多依赖人治而不是制度治理，缺乏系统性的内控制度和流程;(4)一般没有独立的内审机构，对内控问题和缺陷无法独立、系统地监督评价;(5)由于资源有限，计算机信息系统往往不够完善，并缺乏有效的控制。
二、我国中小企业内部控制常见问题及对策
现阶段我国许多中小企业在内部控制方面存在诸多问题，笔者从内部控制五要素出发，结合工作实践，认为中小企业内控典型问题有：
(一)内部环境
1.异地分支机构管控薄弱。近年来，企业异地分、子公司时有以下问题出现：私自对外借款或挪用公司款项、侵占销售货款、私设小金库、虚增费用少计收入等等。外地机构因为地域、人员和管理成本制约及管理幅度和深度不足等原因，使得其存在极大的风险。中小企业须对外地办事处、分公司、子公司做好以下工作：加强内控建设，完善财务会计核算体系;严格控制对外融资、担保权限，加强投融资的管理;审核发展战略;加强预算管理的编制和执行情况;在子公司章程中明确约定子公司的业务范围和审批权限等。
2.中小企业用人易出现“任人唯亲”的现象。在中国人的传统观念中，总是易信赖亲近的人，尤其在创业之初，亲近的人更能同甘共苦，这也让中小企业主更加倾向任用亲近的人。殊不知，这些亲近的人却未必真的能靠得住。一个企业的长久发展需要一套行之有效的管理制度和健全的内控体系来支撑，而不是靠亲戚关系来维系。企业内控指引要求：企业应遵循德才兼备、以德为先和公开、公平、公正的原则，通过公开招聘、竞争上岗等多种方式选聘优秀人才。一个企业如果喜欢“任人唯亲”，将错失很多优秀人才，而人才恰恰是一个企业最重要的生产力，没有优秀的人才，该企业注定走不远。
