首先，税负畸高难以承受。增值税暂行条例实施细则规定，纳税人销售额超过小规模纳税人标准，未申请办理一般纳税人认定手续的，应按销售额依照增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票。按这种方式纳税，纳税人很难承受。因为不得抵扣进项税额，纳税人的税负就是征税税率，比如17%、11%等等，与原来的3%相比，增加了好几倍；与同行业相比，也高出很多，是无法承受的。
其次，可能面临巨额的补税、罚款和滞纳金。现实中，少数纳税人为了规避成为一般纳税人，往往采取销售收入不入账，或者虚设机构分解营业收入等手段，使企业滑入偷逃税的深渊，付出了惨重的代价。
少数长期按小规模纳税人缴税的企业，在税务检查中被发现其实际销售收入早就达到了一般纳税人认定标准。比如，某地税务机关在税务检查中发现，一家商业小规模纳税人采用销售货物不开发票，以及用“大头小尾”开票方式隐瞒销售收入，其2011年度申报的销售收入为75万元，但实际销售收入为200万元。
对该企业该如何处理？其涉及补税额的计算和少缴增值税的处罚两个问题。在这类案件的处理上，目前没有统一的规定。有的税务机关规定，应按照3%的征收率计算该企业2011年应缴的增值税，减去其已缴纳的增值税，差额即为应补税额，并以此确定偷税数额和处罚办法。
比如，广东省国税局2008年发布关于增值税小规模纳税人查补税款适用税率有关问题的通知，规定在国家税务总局未有明确规定之前，无论税务机关是通过实施税务检查，开展纳税评估，还是纳税人自查补税，发现小规模纳税人隐瞒销售收入或漏报销售收入的，均按该小规模纳税人适用的征收率计算补缴增值税。
有的税务机关则认为应按照17%的税率计算该企业2011年应缴的增值税，减去其已缴纳的增值税，差额即为应补税额，并以此确定偷税数额和处罚办法。
如果按照17%的税率计算，该企业2011年应缴纳增值税29万元，其已缴纳2.18万元，应补缴26.82万元。如果再处以1倍的罚款，该企业仅补税和罚款就超过53万元。按这种方式处理，企业付出的代价将非常沉重，甚至难以继续经营。
如何办理一般纳税人资格认定
目前，增值税一般纳税人的认定标准有超过50万元、80万元和500万元三个标准，达到认定标准的纳税人应及时提出一般纳税人认定申请。
根据增值税暂行条例实施细则的规定，从事货物生产或者提供应税劳务的纳税人，以及以从事货物生产或者提供应税劳务为主，并兼营货物批发或者零售的纳税人，年应征增值税销售额在50万元以下（含本数）；其他纳税人，年应征增值税销售额在80万元以下（含本数）的，为小规模纳税人。也就是说，如果上述纳税人年应征增值税销售额分别超过50万元、80万元，就达到了一般纳税人的认定标准。
