1.审查会计凭证 通过对一张张会计凭证特别是所附原始凭证的审查，核实有无采取虚报冒领、截留应上交、下拨款或假借上交、下拨，将单位的资金以某种名义付给其他单位或个人然后再从对方收回或存于对方、截留收入等手段为“小金库”筹集资金的情况。审查会计凭证时要注意从奇异的数字、时间、地点、物品、票据、编号、联系单位、报账手续、开支规律等中发现问题，如某单位按月发放某项补贴，若发现在财务账上开支不连续，则应查明原因，核实是否有从“小金库”中开支的情况。
2.审查收款票据 主要审查已使用发票、收据的存根联是否齐全，有无缺号情况；所有开具了未作废的发票、收据的记账联是否都做了账，存根联与记账联上的数量、金额是否一致；未使用的发票、收据有无缺号的情况，每份未使用的发票、收据及发票、收据联是否存在；核实有无将收入放入“小金库”中的情况。
3.审查货币资金 对库存现金进行突击盘点，核对库存现金实有数与现金日记账和总账余额是否相符，如发现溢余或短款，则应追查原因，核实是否有“小金库”的资金放入其中或“小金库”中的支出挪用了库存现金；如发现活期储蓄存折或定期存单，要追查资金来源、去向及其情况，核实是否属于“小金库”资金。对银行存款进行审查，核对被查单位所有银行存款账户的银行存款账面余额与单位银行存款实有金额是否相符，未达账款是否由于正常原因所致，特别要注意一收一付金额相等的未达账款，如发现不正常情况，则要追查资金去向及其原因，核实是否入了“小金库” 中。另外，对有公款私存的，还要核实有无将其利息放入“小金库”中的情况。
4.审查往来账户 有些单位惯用往来账户过渡设 “小金库”，此种手法通常是把单位的正常收入先记入往来账户，虚列出结算中的债务，侍机再将其转入“小金库”中；还有的将已收回或可收回的债权列作呆账予以核销，把资金转入“小金库”中。在清查中，一是看往来发生和结算的单位名称是否一致，二是看往来款项支付的事由是否合理，三是看往来款项支付的手续是否正常，四是看列作呆账核销的条件是否充分，发现疑点则进行追查，核实是否将资金转入了“小金库”中。
5.审查收费情况 将被查单位经物价部门批准的收费项目、标准、范围与其实际收费情况进行核对，看有无已批准的收费项目没有收费或降低标准、缩小范围收费和巧立名目或提高标准、扩大范围收费的情况，收费收入是否进了账，并要注意深入到已收费和可能收费的单位、人员中去了解，核实有无收费入“小金库”中的情况。
