在研发费用的审核标准上，新《办法》中要求拥有核心关键技术，并以此为基础开展经营活动，且当年度的研究开发费用总额占企业销售（营业）收入总额的比例不低于6%；其中，企业在中国境内发生的研究开发费用金额占研究开发费用总额的比例不低于60%。
二、其他需要关注的内容
软件企业认定实行年审制度。未年审或年审不合格的企业，即取消其软件企业的资格，软件企业认定证书自动失效，不再享受有关鼓励政策。2011年1月1日前完成认定的软件企业，在享受企业所得税优惠政策期满前，仍按信部联产[2000]968号文的认定条件进行年审，优惠期满后按照本办法重新认定，但不再享受财税[2012]27号文第三条规定的两免三减半优惠政策。
工业和信息化部在部门户网站和“中国双软认定网”上对省级主管部门报送的经认定的软件企业名单公示7个工作日，没有异议的，予以备案。有异议的，工业和信息化部不予备案，发回报送的省级主管部门重新审核。
软件企业认定证书由工业和信息化部统一印制，正本和副本各一份。
