新修订的《
软件企业认定管理办法》明确了软件企业的认定条件及程序，自2013年4月1日起实施。新修订的《软件企业认定管理办法》（以下简称《办法》）对原《软件企业认定管理办法》做了较大的修改。
一、主要变化
一是取消了原《办法》关于“
软件企业认定的受理、审核由工信部授权的软件企业认定机构负责，省级软件产业主管部门负责审批、发证”的规定；新《办法》中第五条规定，各省、自治区、直辖市及计划单列市、新疆生产建设兵团工业和信息化主管部门（以下统称省级主管部门）负责管理本行政区域内的软件企业认定工作。
二是对软件企业认定门槛适当抬高，要求加大研究开发投入，提高软件产品自主开发销售（营业）收入的比例，加强知识产权创造、运用、保护和管理，申报企业自产软件产值占总产值的比例由35%提高到40%；从软件收入和自产软件收入比例上：软件企业的软件产品开发销售（营业）收入占企业收入总额的比例一般不低于50%（嵌入式软件产品和信息系统集成产品开发销售（营业）收入占企业收入总额的比例不低于40%），其中软件产品自主开发销售（营业）收入占企业收入总额的比例一般不低于40%（嵌入式软件产品和信息系统集成产品开发销售（营业）收入占企业收入总额的比例不低于30%）；
三是明确了软件企业认定办理时限为20个工作日，新《办法》第九条中规定，省级主管部门自受理软件企业认定申请之日起20个工作日内按照本办法第七条规定，对软件产品开发销售（营业）情况、技术研发能力情况（包括研发环境、研发团队、以及场所购买或租赁情况等）、质量保障能力情况（包括质量保障体系、测试实验环境与工具等）、知识产权情况（包括核心技术知识产权情况、知识产权保护情况等）、企业管理情况（包括管理团队、经营管理制度等）等进行审查，必要时可组织产业、财务等专家围绕上述方面对申请企业进行评审。
四是对认定结果除报工业和信息化部公示、备案外，还要同时抄送同级发展改、财政、税务部门；
五是规定每年2月份前，地方软件产业主管部门需向工信部报送软件企业认定年度总结报告。旧《办法》规定：提供上年度财务报表。新《办法》的第八条第六款规定：经具有国家法定资质的中介机构鉴证的企业上一年度和当年度（实际年限不足一年的按实际月份）财务报表（含资产负债表、损益表、现金流量表）以及企业软件产品开发销售（营业）收入、企业软件产品自主开发销售（营业）收入、企业研究开发费用、境内研究开发费用等情况表并附研究开发活动说明材料（研究开发费用、软件产品开发销售（营业）收入政策口径分别按照财税〔2012〕27号文件第十三条、第十六条的规定归集）；也就是需要企业提供年度审计报告和软件收入的专项审计报告。
