审计时，注册会计师应关注被审计基金会开展的增值活动是否符合《基金会管理条例》和国家其他有关法规的规定，是否遵守与捐赠人和受助人的约定，是否经理事会批准或授权，是否取得相应的投资收益，取得的投资收益是否按规定纳税，如果进行委托投资，是否委托银行或其他金融机构进行等情况。
四、大力宣传和推广重大公益项目专项审计
《关于进一步加强和完善基金会注册会计师审计制度的通知》中要求“符合条件的重大公益项目应进行专项审计”，但就如何开展专项审计、审计的内容和重点、审计报告、审计费用等问题均未明确，现实中基金会对于是否进行重大公益项目的专项审计尚处于观望之中。
重大公益项目专项审计是对项目的全过程审计，包括项目立项情况、执行情况、后续监督和评估情况，既要关注项目收支是否真实合法，也要对项目的内部控制进行评价。通过重大公益项目专项审计的开展，了解项目运作过程中是否存在问题，为财务报表审计打下良好的基础。因此，注册会计师在执业过程中要加大对专项审计的宣传，促进基金会管理层对专项审计作用和目的的认识，促进专项审计工作的尽快开展。
