北京经营广告公司的赵先生反映，其公司规模不大，“营改增”后，选择了小规模纳税人，最近在和一家老客户（北京另一家广告公司）进行商务谈判时遇到了麻烦。对方是本次纳入“营改增”试点的一般纳税人，要求赵先生的公司申请一般纳税人或到税务局代开增值税专用发票，否则要求赵先生公司弥补多缴纳的增值税款。赵先生说，以前缴纳营业税的时候，按照规定，对方公司则可以在销售额中扣除他们支付的费用。
赵先生反映的这一情况，在营业税制下，按照《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）的相关规定：“从事广告代理业务的，以其全部收入减去支付给其他广告公司或广告发布者（包括媒体、载体）的广告发布费后的余额为营业额。”而“营改增”后，按照新政策的规定，试点纳税人支付给上游试点纳税人的价款不能按照原差额征收政策进行扣除。这里又分为两种情况：第一种，上游服务提供商是试点一般纳税人，那么接受方则可以获得增值税专用发票，属于“通过改革能够解决重复征税问题的，予以取消”的情形；另一种是，上游服务商为试点小规模纳税人，由于小规模纳税人不能开具增值税专用发票，接受方自然也不能进行增值税抵扣，同时也不能按照差额征收扣除税基。
出现这种情况，小规模纳税人可以通过申请税务机关代开增值税专用发票来解决，从而改变在商业谈判中的被动局面。
各地出台财政补贴政策，资金拨付审查严格，对试点企业的财务管理提出了更高的要求。
2012年启动的“营改增”，中央文件对试点行业的税率、免税政策、税收划分、政策的衔接、发票等方面进行了统一规定。针对可能出现的税改带来部分企业税负加重的情况，中央文件只是做出了“改革试点行业总体税负不增加或略有下降”的总体性要求，如何进行补贴，中央并无统一安排。从目前情况来看，各地“营改增”启动后，为了实现中央的政策目标，均制定相应的财政补贴政策。
上海出台的《关于实施营业税改征增值税试点过渡性财政扶持政策的通知》（沪财税[2012]5号）明确了具体申请流程，“企业据实申请、财政分类扶持、资金及时预拨”，操作方法是试点企业按月报告，财政部门“按月跟踪分析、按季审核预拨、按年据实清算”。
北京市相关部门也先后发文，就申请财政扶持资金的试点纳税人的资格、申请流程、管理和受理机关、需要提交的资料等做了原则性的规定。要求试点企业填写税负变化表，提供“按试点政策规定计算缴纳的增值税”“按原营业税规定计算应缴纳的营业税”和“上年同期营业税”三类数据。
