企业年金是指企业及其职工按照《企业年金试行办法》的规定，在依法参加基本养老保险的基础上，自愿建立的补充养老保险。国家税务总局《关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2009]694号），首次明确了企业年金个人所得税征收管理的相关问题，之后《关于企业年金个人所得税有关问题补充规定的公告》（国家税务总局公告2011年第9号）（以下简称9号公告）又对该函的有关规定作了补充规定。因此，企业年金在计算缴纳个人所得税时，应注意以下几个问题：
一、企业年金无个人所得税税收优惠待遇
国税函[2009]694号第一条规定，企业年金的个人缴费部分，不得在个人当月工资、薪金计算个人所得税时扣除。这就是说企业年金个人缴费部分也要计算缴纳个人所得税。
例一，甲公司实行年金计划，公司总经理李某月工资10000元，2011年12月，公司已向其年金账户缴存当月应缴金额3000元，其中企业缴费2000元；个人缴费1000元。该月李某应缴多少个人所得税？
由于年金中个人缴费1000元，不得在其当月工资、薪金中扣除，因此，李某应缴工资、薪金个人所得税745元[（10000-3500）×20%－555]。
国税函[2009]694号第二条第一款规定，对于企业年金的企业缴费计入个人账户的部分（以下简称企业缴费）是个人因任职或受雇而取得的所得，属于个人所得税应税收入，在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金（不与正常工资、薪金合并），不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目计算当期应纳个人所得税款，并由企业在缴费时代扣代缴。
续例一，李某年金企业缴费部分应缴个人所得税95元（2000×10%－105）。
两项合计应缴840元（745+95），李某实际到手的工资为8160元（10000-1000-840）。
假如该公司财务执行新会计准则，则扣缴税款账务处理：
1.代扣时：
借：应付职工薪酬――李某 10000
贷：现金 8160
贷：应交税费――代扣代缴个人所得税 840
2.代缴时：
借：应交税费――代扣代缴个人所得税 840
贷：银行存款（现金） 840
二、月工资收入低于费用扣除标准的年金不征税
由于国税函[2009]694号对企业为月工资收入低于费用扣除标准的职工缴存企业年金的征税问题不够明确，因此9号公告规定，企业年金的企业缴费部分计入职工个人账户时，当月个人工资薪金所得与计入个人年金账户的企业缴费之和未超过个人所得税费用扣除标准的，不征收个人所得税；个人当月工资薪金所得低于个人所得税费用扣除标准，但加上计入个人年金账户的企业缴费后超过个人所得税费用扣除标准的，其超过部分按照国税函[2009]694号第二条规定缴纳个人所得税。
