（3）参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格核定股权转让收入。
（4）纳税人对主管税务机关采取的上述核定方法有异议的，应当提供相关证据，主管税务机关认定属实后，可采取其他合理的核定方法。
六、股权转让取得违约金收入的处理
《国家税务总局关于个人股权转让过程中取得违约金收入征收个人所得税问题的批复》（国税函[2006]866号 ）规定，股权成功转让后，转让方个人因受让方个人未按规定期限支付价款而取得的违约金收入，按照“财产转让所得”项目计算缴纳个人所得税，税款由取得所得的转让方个人向主管税务机关自行申报缴纳。如果股权没有转让成功，取得的违约金收入不需缴纳个人所得税。
七、转让改组改制企业的量化资产股权的处理
《国家税务总局关于关于企业改组改制过程中个人取得的量化资产征收个人所得税问题的通知》（国税发[2000]60号）规定，职工个人以股份形式取得的拥有所有权的企业量化资产，暂缓征收个人所得税，但个人将股权转让时，应就其转让收入额减除个人取得该股份时实际支付的费用支出和合理转让费用后的余额，按“财产转让所得”项目计征个人所得税。而对职工个人以股份形式取得的企业量化资产参与企业分配而获得的股息、红利，应按“利息、股息、红利”项目征收个人所得税。
八、原价回购已转让股权的处理
《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》（国税函[2005]130号）规定，原价回购转让股权已缴个税能否退还，需要根据合同是否履行完毕、股权是否完成工商变更登记、转让人是否收到过股权转让款等因素进行判断：
1.若股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，则转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。
2.若股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，由于其股权转让行为尚未完成、收入未完全实现，随着股权转让关系的解除，股权收益不复存在，根据《个人所得税法》和《税收征管法》的有关规定，以及从行政行为合理性原则出发，纳税人不应缴纳个人所得税。
