股权转让所得应纳个人所得税=（股权转让收入－取得股权所支付的金额－转让过程中所支付的相关合理费用）×20%.
其中，合理费用是指股权转让过程中按规定支付的税金、资产评估费、中介服务费等。
例：刘先生取得A公司股权时支付人民币100万元，现与B公司签订股权转让协议，要将其所持有的A公司股权作价人民币250万元转让给B公司。
计算分析：现行税法规定，对于股权转让，营业税及附加目前暂免征收，但所订立的股权转让协议属产权转移书据，立据双方还应按协议价格（所载金额）的万分之五缴纳印花税。
①股权转让应缴印花税=2500000×1‰ =2500（元）
②股权转让应缴个人所得税=（2500000-1000000-2500）×20%=99500（元）。
五、计税依据明显偏低的判定及核定
国家税务总局公告2010年第27号规定，个人股权转让计税依据明显偏低且无正当理由的，主管税务机关可采用公告列举的方法核定。
1.计税依据明显偏低且无正当理由的判定方法
符合下列情形之一且无正当理由的，可视为计税依据明显偏低：
（1）申报的股权转让价格低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的。
（2）申报的股权转让价格低于对应的净资产份额的。
（3）申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格的。
（4）申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格的。
（5）经主管税务机关认定的其他情形。
2.正当理由的情形
（1）所投资企业连续三年以上（含三年）亏损；
（2）因国家政策调整的原因而低价转让股权；
（3）将股权转让给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；
（4）经主管税务机关认定的其他合理情形。
3.计税依据明显偏低且无正当理由的核定方法
（1）参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。
对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。
（2）参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格核定股权转让收入。
