1）证券公司预扣预缴应纳税所得额=限售股转让收入-（限售股原值+合理税费）=股改限售股复牌日收盘价×减持股数-股改限售股复牌日收盘价×减持股数×15%=15元/股×100万股-15元/股×100万股×15%=1275（万元），应纳税额=应纳税所得额×税率=1275×20%=255（万元）。
2）申报清算应纳税款如果老李能提供完整、真实的限售股原值凭证，应纳税所得额=限售股转让收入-（限售股原值+合理税费）=1000-（200+2）=798（万元），应纳税额=应纳税所得额×税率=798×20%=159.6（万元）。应退还的税款=已扣缴税额-应纳税额=255-159.6=95.4（万元）。而案例中老李未能提供完整、真实的限售股原值凭证，主管税务机关按限售股转让收入的15%核定限售股原值及合理税费。应纳税所得额=限售股转让收入-（限售股原值+合理税费）=限售股转让收入-限售股转让收入×15%=1000-1000×15%=850（万元），应纳税额=应纳税所得额×税率=850×20%=170（万元）。应退还的税款=已扣缴税额-应纳税额=255-170=85（万元），多缴税95.4-85=10.4万元。
方法二：证券机构技术和制度准备完成后新上市公司的限售股，按照证券机构事先植入结算系统的限售股成本原值和发生的合理税费，以实际转让收入减去原值和合理税费后的余额按20%税率，计算并直接扣缴个人所得税额。纳税人同时持有限售股及该股流通股的，其股票转让所得，按照限售股优先原则，即：转让股票视同为先转让限售股，按规定计算缴纳个人所得税。
例2、证券机构技术和制度准备完成后，老张持有某股票的100万股限售股和30万股流通股，限售股原始取得成本为462万元（结算系统取得成本）；流通股取得成本为201万元。2009年12月，老张持有的限售股全部解禁可上市流通。2010年1月11日，老张将所持有的限售股和流通股卖出120万股，合计取得转让收入1200万元，发生合理税费1.2万元。按照财税[2009]167号文规定，老张转让股票视同为先转让限售股，证券机构按规定直接计算扣缴其个人所得税。
老张卖出120万股股票，应视同为转让限售股100万股和20万股流通股，那限售股转让收入=转让总收入×限售股转让股数÷（限售股+流通股转让股数）=1200×100÷120=1000（万元），同理，限售股转让成本应分摊合理税费=1.2×100÷120=1（万元）。应纳税所得额=限售股转让收入-（限售股原值+合理税费）=限售股实际转让收入-（限售股成本原值+转让合理税费）=1000-（462+1）=537（万元），应纳税额=应纳税所得额×税率=537×20%=107.4（万元）。
