《专项审计指引》要求注册会计师应当假定申报企业的高新技术研究开发费用支出与高新技术产品（服务）收入存在舞弊风险；应当考虑申报企业管理层有可能存在为了申请高新技术企业资格以享受税收优惠政策的动机，导致高新技术研究开发费用支出与高新技术产品（服务）收入存在重大错报风险。
五、对与申报明细表相关的内部控制制度的了解
《专项审计指引》勾画了与申报明细表相关的内部控制制度，强调了解这些内部控制是识别、评估重大错报风险以及设计和实施进一步审计程序的基础。
与高新技术产品（服务）收入相关的内部控制包含在企业产品或服务的销售控制中，而如高新技术产品（服务）收入与研究开发激励或与销售奖励相关联时，企业一般会设计或增加相应的控制环节。注册会计师审计时，需要了解申报企业能否确保销售均已准确记录并对高新技术产品（服务）进行恰当分类。
在财务报表审计中，一般不专门提及与高新技术研究开发费用支出相关的内部控制。《专项审计指引》强调研究开发费用控制通常属于申报企业费用和成本控制的重要组成部分，要求注册会计师在对研究开发费用控制进行了解时，需要考虑那些影响研究开发费用完整性、发生、准确性和分类的控制点。同时，《专项审计指引》给出了研究开发业务流程通常可能包括的主要活动，如立项和预算管理、人员管理、材料和设备管理以及结项管理等。
六、专项审计报告的审计
基于申请高新技术企业认定的目的，申报企业通常将最近三个会计年度研究开发费用结构明细表和最近一年高新技术产品（服务）收入明细表的专项审计同时委托给一家会计师事务所，《专项审计指引》要求，针对研究开发费用结构明细表和高新技术产品（服务）收入明细表分别出具专项审计报告。
由于研究开发费用结构明细表涉及三个会计年度，注册会计师出具非标准专项审计报告时需要指明导致事项所对应的会计年度。
