会计制度及相关准则在收益、费用和损失的确认、计量标准与企业所得税法规的规定上存在差异。对于因会计制度及相关准则就收益、费用和损失的确认、计量、记录和报告，按照会计制度及相关准则规定的确认、计量标准与税法不一致的，不得调整会计账簿记录和会计报表相关项目的金额。企业在计算当期应交所得税时，应在按照会计制度及相关准则计算的利润总额(即利润表中的利润总额)的基础上，加上(或减去)会计制度及相关准则与税法规定就某项收益、费用或损失确认和计量等的差异后，调整为应纳税所得额，并据以计算当期应交所得税。
因此，所得税汇算清缴的调整事项，一般是不需要进行账务处理的，但也发现有些企业进行了所得税审核后，对于纳税调整事项在下年度作了账务处理，下年度做汇算清缴时又要做纳税调整。
四、是否调整下年度报表的期初数
由于会计制度对资产负债表日后事项，会计政策、会计估计变更，会计差错更正等规定中，都提到要调整下年度报表的期初数;会计差错更正的会计处理，区分重大差错和非重大差错两种处理方法。一般的会计差错(非重大差错)仅调整发现当期相关项目。
对于所得税审核来说，只对所得税纳税调整，一般不对报表进行调整，因此下一年度也不需要调整期初数，如应交所得税科目，在下年度进行账务处理即可，一般金额并不大，按非重大差错处理，同样不需要调整报表期初数。
五、有扣除限额的费用扣除
由于税法规定的税前扣除是一种标准，依据标准计算出来的金额是准予扣除限额的概念，不是必须扣除的金额。如果纳税人实际发生的成本、费用、税金、损失高于准予扣除限额，按限额扣除;低于准予扣除限额，按实际核算金额扣除。
固定资产折旧、职工福利费、坏账准备等有一定的扣除比例，企业会计处理中的主要错误是，账务上未进行处理，而在纳税申报中作了纳税调减;按税法规定，一些广告费超过扣除限额的部分是可以在以后年度进行扣除的，这部分则可作为以后年度的纳税调减。
六、有关开办费的问题
新会计制度、新会计准则，以及税法对开办费的规定不同，实际中带来了混乱。
税法规定：企业在筹建期发生的开办费，应当从开始生产、经营月份的次月起，在不短于5年的期限内分期扣除。筹建期，是指从企业筹建之日至开始生产、经营(包括试生产、试营业)之日的期间。开办费是指企业在筹建期发生的费用，包括人员工资、办公费、培训费、差旅费、印刷费、注册登记费，以及不计入固定资产和无形资产成本的汇兑损益和利息。
