财税[2009]27号的发布日期和执行起始日不同，要求从2008 年1月1日起执行，而该文件的发文日期是6月2日， 已过汇算清缴期，纳税人无法在汇算清缴时执行，只能在汇算清缴期过后再按规定重新计算2008年度税款。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十二条 规定，因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金，因此， 应该可以理解为不要加收滞纳金。如果纳税人因财税[2009]27号文件规定而涉及多缴税款的，纳税人可以按规定向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行 同期存款利息；如果纳税人因财税[2009]27号文件规定而涉及补税的，税务机关可以要求纳税人补缴税款，但不得加收滞纳金。
【计税基数】
补充养老保险、医疗保险以职工工资总额为基数。工资、薪金总额，是指企业按照《国家税务总局关于企业工资、薪金及职工福利费扣除问题的通知》(国税函 [2009]3号)第一条规定实际发放的工资、薪金总和，不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤 保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金。属于国有性质的企业．其工资、薪金，不得超过政府有关部门给予的限定数额；超过部分，不得计入企业工资、薪 金总额，也不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
第一条规定，所谓合理工资、薪金，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制定的工资、薪金制度规定，实际发放给员工的工资、薪金。因 此，财税[2009]27号文件中的工资总额，应该等同于国税函[2009]3号文件中的工资、薪金总额，其计算口径应该和计算职工福利费支出、职工教育 经费支出、工会经费支出所用的工资、薪金总额一样，都是按企业实际发放的工资、薪金总额。 《国家税务总局关于(中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表>的补充通知》(国税函[2008 3 1081号)的“附表三《纳税调整项目明细表》填报说明”规定， “工资薪金支出”：第1列“账载金额”，纳税人按照国家统一会计制度计入成本费用的职工工资、奖金、津贴和补贴填报。第2列“税收金额”，纳税人按照税收 规定允许税前扣除的工资、薪金填报。如第1列≥第2列，第1列减去第2列的差额填入第3列“调增金额”；如第1列<第2列。第2列减去第1列的差额 填人第4列“调增金额”。
