2.关于减半征收企业所得税税率认定问题。根据《财政部、国家税务总局关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》（财税〔2009〕69号）规定，执行《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发〔2007〕39号）规定的过渡优惠政策及西部大开发优惠政策的企业，在定期减免税的减半期内，可以按照企业适用税率计算的应纳税额减半征税。其他各类情形的定期减免税，均应按照企业所得税25%的法定税率计算的应纳税额减半征税。《国家税务总局关于进一步明确企业所得税过渡期优惠政策执行口径问题的通知》（国税函〔2010〕157号）关于居民企业选择适用税率及减半征税的具体界定问题规定为：
（一）居民企业被认定为高新技术企业，同时又处于《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发〔2007〕39号）第一条第三款规定享受企业所得税“两免三减半”、“五免五减半”等定期减免税优惠过渡期的，该居民企业的所得税适用税率可以选择依照过渡期适用税率并适用减半征税至期满，或者选择适用高新技术企业的15%税率，但不能享受15%税率的减半征税。
（二）居民企业被认定为高新技术企业，同时又符合软件生产企业和集成电路生产企业定期减半征收企业所得税优惠条件的，该居民企业的所得税适用税率可以选择适用高新技术企业的15%税率，也可以选择依照25%的法定税率减半征税，但不能享受15%税率的减半征税。
（三）居民企业取得中华人民共和国企业所得税法实施条例第八十六条、第八十七条、第八十八条和第九十条规定可减半征收企业所得税的所得，指居民企业应就该部分所得单独核算并依照25%的法定税率减半缴纳企业所得税。因此，该公司实施CDM项目的所得，减半征收所得税只能按照25%法定税率计算减半征税。
3.关于CDM项目的所得分摊期间费用标准问题。企业扣除费用一般应与收入相关。根据企业所得税法第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。《国家税务总局关于实施国家重点扶持的公共基础设施项目企业所得税优惠问题的通知》（国税发〔2009〕80号）第六条规定，企业同时从事不在目录范围的生产经营项目取得的所得，应与享受优惠的公共基础设施项目经营所得分开核算，并合理分摊企业的期间共同费用；没有单独核算的，不得享受上述企业所得税优惠。期间共同费用的合理分摊比例可以按照投资额、销售收入、资产额和人员工资等参数确定。上述比例一经确定，不得随意变更。凡特殊情况需要改变的，需报主管税务机关核准。企业实施CDM项目的所得分摊期间费用，应按收入比例，即按二氧化碳减排量转让收入占企业总收入的比例进行合理分摊。这是税务上的费用分摊处理，不是会计上的费用分摊处理，无需账务调整。
4.关于CDM项目减税所得能否弥补以前年度应税项目亏损问题。根据《国家税务总局关于做好2009年度企业所得税汇算清缴工作的通知》（国税函〔2010〕148号）有关企业所得税纳税申报口径规定，对企业取得的免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目，不得弥补当期及以前年度应税项目亏损，当期形成亏损的减征、免征所得额项目，也不得用当期和以后纳税年度应税项目所得抵补。该公司实施CDM项目减征所得额不得弥补该公司当期及以前年度应税项目亏损，应税项目所得与减征所得额项目，应分别计算申报纳税。比如，该公司2011年实施CDM项目的所得12000万元，应税项目所得8000万元，2011年以前应弥补亏损20000万元，该公司只能用2011年应税项目所得8000万元弥补以前年度亏损，2011年实施CDM项目的所得12000万元应减半计算缴纳企业所得税。
5.关于减半征税部分如何填报年度企业所得税纳税申报表问题。根据《财政部、国家税务总局关于中国清洁发展机制基金及清洁发展机制项目实施企业有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2009]30号）和《国家税务总局关于进一步明确企业所得税过渡期优惠政策执行口径问题的通知》（国税函〔2010〕157号）、《国家税务总局关于印发中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表的通知》（国税发〔2008〕101号）等规定，关于实施CDM项目的所得填报年度企业所得税纳税申报表方法应是，将CDM项目温室气体减排量转让收入上缴国家的部分（免税收入）填入附表五《税收优惠明细表》第五行“免税收入4其他”项目，实施CDM项目的所得减半部分（减税所得）填入附表五《税收优惠明细表》第三十二行“减税所得（六）其他”项目，将以上两项合计填入企业所得税年度纳税申报表附表三《纳税调整项目明细表》第四十行“扣除类调整项目20其他”项目“调减金额”栏，并分别填入企业所得税年度纳税申报表（主表）第十五行“减：纳税调整减少额”和其中第十七行“免税收入”和第十九行“减、免税项目所得”金额栏内。这样填报结果是，主表第二十三行“纳税调整后所得”中包括应税项目所得与减征所得两部分，这时，只将其中应税项目所得减去主表第二十四行“弥补以前年度亏损”后的余额加上减征所得数额填入主表第二十五行“应纳税所得额”中，最后，将“应纳税所得额”乘以主表第二十六行法定税率25%之积填入主表第二十七行“应纳所得税额”金额栏内，再将应税项目应纳税所得额乘以（25%-15%）税率之积（高新技术企业应税项目所得减税优惠部分）填入主表第二十八行“减：减免所得税额”和附表五《税收优惠明细表》第三十三行“五、减免税合计”和第三十五行“（二）国家需要重点扶持的高新技术企业”项目金额栏内。其他项目填报方法按其规定计算填写。
