近年来，随着商业银行审计由财务收支审计发展到“风险、管理、效益”审计，实际工作中遇到许多难点问题，需要加以研究和解决。
一、商业银行审计需解决的难点问题
(一)商业银行案件频发，审计力量不足，审计风险不断加大
一方面，商业银行案件频发，经营风险巨大。商业银行与社会各领域联系广泛，是一个高风险的行业。近年来在审计中发现，不法分子时刻关注商业银行管理漏洞进行金融诈骗活动，或与银行员工内外勾结联手作案，如诈骗贷款、挪用客户存款和伪造票据等重大案件时有发生。在审计工作中，尽管审计人员实施了必要的审计程序和审计方法，但仍然存在较大的审计风险。另一方面，审计机关整体力量不足，审计时间有限，违规问题未能发现和披露的潜在风险较大。一般对省级分行系统审计由十几名审计人员在几个月时间内完成，面对商业银行众多的分支机构、大量数据和资料，存在应发现而未发现重大违法违纪问题或典型性、倾向性问题的情况，使商业银行审计面临较大风险。
(二)商业银行业务复杂，不断扩展和创新，给审计工作带来新的挑战
近年来，对商业银行审计采取轮流的方式进行，几年循环一次，审计人员很难全面掌握各商业银行内部经营管理等情况。加之商业银行不断推出新业务，现有审计人员专业素质、知识结构不能完全适应审计发展的需要。目前，审计机关中既有较高的金融知识水平，又有多年金融审计工作经验的人员所占比例很小。部分从事金融审计的人员，虽然具有长期从事金融审计工作的经验，但对金融新业务了解不多，只能对商业银行财务收支或原有业务进行审计，对其不断出现的新业务无法开展审计。
(三)审计技术方法滞后于金融业信息化的步伐，难以满足审计发展的需要
商业银行审计的目标是防范风险、促进管理、提高效益，要实现这一目标，就需要审计人员对商业银行进行全面了解和审计，做出客观公正的评价。而面对商业银行庞大的金融数据，传统的审计方法已经不能适应信息化审计发展的需求。目前，虽然开展了计算机辅助审计，但审计软件技术开发很慢，同商业银行的数据接口没有实现，对后台数据的下载速度慢，影响了审计的效率。在实际工作中，由于商业银行机构庞大、点多面广，审计机关不能对其进行全面审计，只能选择部分分支机构进行抽查，且在审计中，判断抽样贯穿审计过程的始终，这样就可能以偏概全，做出错误的审计评价。如，在审计报告中，对商业银行某项业务或某一方面工作进行审计评价时，很难做出“符合”、“基本符合”、“不符合”的评价。即使是“基本符合”的评价，也存在较大的审计风险。
