非居民股东因经营决策或其他原因转让其持有的境内居民企业的股权时，即产生了非居民企业股权转让所得企业所得税纳税义务。为防范税收流失，维护国家税收主权，规范非居民企业所得税源泉扣缴管理，国家税务总局制定了《关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函[2009]698号）。
一、非居民企业转让居民企业股权的内涵及适用税率
《企业所得税法》规定，非居民企业在中国境内设立机构、场所的，应当就其所设机构、场所取得的来源于中国境内的所得，以及发生在中国境外但与其所设机构、场所有实际联系的所得，缴纳企业所得税；非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。《企业所得税法实施细则》第七条规定：权益性投资资产转让所得按照被投资企业所在地确定来源于中国境内、境外的所得；股息、红利等权益性投资所得按照分配所得的企业所在地来确定来源于中国境内、境外的所得。国税函[2009]698号文明确规定，本通知所称股权转让所得是指非居民企业转让中国居民企业的股权（不包括在公开的证券市场买入并卖出中国居民企业的股票）所取得的所得。
《企业所得税法》规定，非居民企业取得所得适用税率为20%。实施细则第九十一条则明确，非居民企业取得的所得，减按10%的税率征收企业所得税。即一般境外企业转让我国企业股权或者取得我国企业的股息分配，均需要缴纳10%的企业所得税。但如果该非居民企业是属于与我国签订了税收协定或安排的国家或地区的居民企业，则可享受税收协定优惠规定。如香港的居民企业转让其拥有的内地居民企业的股权，按照内地与香港签订的税收安排，如果该香港居民企业所持的内地居民企业的股权比例低于25%的，在内地无需缴纳股权转让所得企业所得税。非居民企业如果想享受上述税收协定优惠待遇的，需先到主管税务机关申请协定待遇，经税务机关审核同意后方可享受，否则必须严格按照国内税法规定缴纳企业所得税。
二、股权转让所得的确定
股权转让所得是股权转让价和股权成本价之间的差额。股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币性资产或者权益等形式的金额。如被投资企业有未能分配的利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。计算股权转让价时，如被持股企业有术分配利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，自2008年1月1日起不得从股权转让价中扣除。
