企业研究开发费用加计扣除是企业进行技术开发时普遍享受的一项税收优惠政策。企业所得税法第三十条和企业所得税法实施条例第九十五条有关研究开发费用的加计扣除规定为：企业开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除;形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。
高新技术企业进行技术开发，投入大，适用开发费用加计扣除政策能获得很大实惠。但在企业研究开发费用归集上，《国家税务总局关于印发〈企业研究开发费用税前扣除管理办法(试行)〉的通知》(国税发〔2008〕116号，以下简称办法)和《科技部、财政部、国家税务总局关于印发〈高新技术企业认定管理工作指引〉的通知》(国科发火〔2008〕362号，以下简称指引)的规定存在差异，企业在计算可加计扣除的研究开发费用时，应遵循办法的规定，谨慎处理。
办法与指引在研究开发费用规定上，主要有以下几项差异：
一是在人员人工费用规定方面，办法所列人员人工费用为在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴，不包括指引所列的与任职受雇相关的其他支出，如企业为研发人员缴纳的“五险一金”支出等。
二是在折旧费用方面，办法所列折旧费用为专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费租赁费，不包含指引所列研究开发项目在用建筑物的折旧费用，以及研发设施改建、改装、装修和修理过程中发生的长期待摊费用。
三是委托外部研发时，办法要求对委托开发的项目，受托方应向委托方提供该研发项目的费用支出明细，否则，该委托开发项目的费用支出不得实行加计扣除，而指引对此没有要求。
四是在其他费用方面，办法所列其他费用包括技术图书资料费、资料翻译费、研发成果的论证、评审、验收费用，不包含指引所列办公费、通信费、专利申请维护费、高新科技研发保险费，且办法对其他费用没有要求不能超过总研发费用10%的比例限制。
此外，在费用的归集上，目前还有不明确的地方。比如委托开发，对于包括在委托方开发费用中的受托方开发利润是否可以作为符合条件的研发费用作加计扣除尚不明确。再如合作开发，办法规定，对企业共同合作开发的项目，由合作各方就自身承担的研发费用分别按照规定计算加计扣除。“合作各方自身承担的研发费用”是各方实际支付的研发费用，还是按照合作开发协议应当承担的研发费用尚不明确。
从上述两个文件的分析比较可以看出，办法规定的可加计扣除的研究开发费用，并非是按照指引所归集的全部研究开发费用，按办法归集的研究开发费用的口径小于指引归集的研究开发费用。因此，高新技术企业应严格按照办法的规定进行研究开发费加计扣除。
