纳税申报是税务风险防控的最后一个环节，无论是多缴税的风险，还是少缴税的风险，都会在纳税申报完成后形成。
如何防控纳税申报过程中多缴税的风险
多缴税款的原因主要是没有享受应该享受的优惠政策或没有行使有关权利。因没有筹划导致的多缴税款，属于重大决策风险防控的内容，在此不作赘述。
纳税人没有享受优惠政策或行使权利，可归结为以下三个原因：一是不知道可以享受的优惠或可行使的权利；二是没有及时办理备案或审批手续；三是因大意丧失享受优惠的资格。
国家经常制定一些针对不同纳税人的税收优惠政策，或者是鼓励性优惠政策，或者是救济性优惠政策。纳税人不能坐等税务机关宣传这些政策，而应主动、随时关注国家出台的税收法规，凡是可以享受的，应争取尽快享受。如果因不知道优惠政策没有及时享受，等知道后，再想追加享受几乎不能，多缴的税款几乎成为永久性损失。
即使知道优惠政策或权利，但是没有办理手续，或迟办有关手续，也不能享受或及时享受优惠政策。办理备案或审批手续，是税务机关优惠政策管理的必要程序，纳税人只有向税务局证明自己具备享受优惠的资格后，才能享受优惠。至于资产损失税前扣除，则是纳税人的一项权利，但也需按照税务局的要求处理后，才可税前扣除。
优惠都是有条件的，一些与数字有关的硬性条件，纳税人很容易在不知不觉中丧失。如高新技术企业，即使在证书有效期内，也需每年符合研发费用标准、高新技术产品收入比例等技术指标，纳税人很可能因为一笔非常规的巨额收入，导致某一年满足不了某项技术指标的要求，导致丧失享受优惠的资格。
解决问题的办法就隐藏在问题本身之中，针对多缴税产生的原因，应采取以下措施解决。
一是及时了解国家出台的税收法规，尤其是与税收优惠和纳税人权利有关的法规，分析如何理解和应用。最好是聘请合格中介做常年税务顾问，中介有义务及时通知纳税人国家出台的与其有关的优惠政策。
二是凡可以享受的优惠和行使的权利，在第一时间保存有关资料或证据，及时办理有关备案或审批手续。
三是逐月盯住与优惠有关的指标，统筹安排有关交易的时间和规模，避免丧失优惠资格。
如何防控纳税申报过程中少缴税的风险
少缴税风险是纳税申报中最常见的风险。少缴税风险的产生，主要包括以下几个原因：
一是办税人员不了解相关税种的风险点。如增值税的风险点主要是视同销售和进项税转出，如果应视同销售而没有作视同销售，则少计销项税。如果应进项税转出而没有转出，则多计进项税。这都导致少缴增值税。企业所得税的风险点在收入确认方面，主要是视同销售没有确认收入，在扣除方面，是不该扣除的支出扣除了，或限定比例扣除的支出全部扣除了，也都导致少计应纳税所得，少缴所得税。
二是办税人员没有权利或途径了解公司发生的应该作相应税务处理的事项。如仓库发生存货被盗、丢失或霉烂变质现象，则应作进项税转出处理。及时了解上述事实，是办税人员进行税务处理的前提。许多公司没有相应的内部信息传导机制，办税人员无法及时了解相关信息，也就无法进行相应的税务处理，导致少缴税款。
三是缺乏相互验证的内部控制流程。即使办税人员了解全部涉税信息，在计算税款的过程中，也可能出现计算差错，或因对税法理解错误，导致少算税款。如果不能有一种发现并纠正错误的内控机制，则发生的错误难以及时发现并纠正。
税务风险防控是知道风险点、发现风险点，处理风险点的有机统一。有效防止纳税申报少缴税的风险，关键是做到以下几点：
一是办税人员要全面、深刻地理解税法，认识相关税种的风险点。懂得风险点是防止风险的基础。
二是办税人员在计算税款之前，要有权利和渠道及时发现风险点。发现风险点是处理风险的前提。
三是计算过程要形成一种内在的制约和复核机制，如由两个人根据获得的信息，分别计算应纳税额，如果一致，则进入纳税申报的复核过程，如果不一致，则要查找原因。
