因此，该自然人以非专利技术使用权投资入股，向A公司提供专有技术并取得A公司股权，属于提供非专利技术使用权取得其他形式的经济利益（A公司股权），自然人应按“特许权使用费所得”缴纳个人所得税。
3、定价问题
《财政部、工商总局关于加强以非货币财产出资的评估管理若干问题的通知》（财企[2009]46号）第一条规定，有下列情形之一的，应当进行资产评估：
（一）投资人以非货币财产出资的；
（二）在验资或申请工商登记时，验资机构或投资人发现用作出资的非货币财产与评估基准日时的资产状态、使用方式、市场环境等方面发生显著变化，或者由于评估假设已发生重大变化，可能导致资产价值发生重大变化的；
（三）法律、行政法规规定的其他需要进行资产评估的事项。
第二条规定，以非货币财产出资评估，投资人应当委托依法设立的资产评估机构进行。
第三条规定，以非货币财产出资的投资人，应当对所提供的非货币财产的真实性、合法性承担责任。
第四条规定，资产评估机构从事以非货币财产出资评估业务时，应当严格遵循有关的资产评估准则和规范，并对评估结论的合理性承担法律责任。
根据上述规定，投资人以非货币财产出资的，应当对所提供的非货币财产的真实性、合法性承担责任，资产评估机构对评估结论的合理性承担法律责任。
该专有技术评估价为4000万元，该自然人与A公司及其原股东不存在关联关系，且股东认可，则其定价是合理的。
如果该专有技术投资属于不需开具发票情形，同时按独立交易原则定价，并且该专有技术与该公司的生产经营有关，其摊销准予税前扣除。
