《国家税务总局关于调整增值税即征即退优惠政策管理措施有关问题的公告》（国家税务总局公告2011年第60号）规定，自2011年12月1日起，调整增值税即征即退企业实施先评估后退税的管理措施，由先评估后退税改为先退税后评估。随后，《国家税务总局关于纳税人既享受增值税即征即退先征后退政策又享受免抵退税政策有关问题的公告》（国家税务总局公告2011年第69号，以下简称69号公告）明确了以下相关内容：
1.纳税人既有增值税即征即退、先征后退项目，又有出口等其他增值税应税项目的，增值税即征即退和先征后退项目不参与出口项目免抵退税计算。纳税人应分别核算增值税即征即退、先征后退项目和出口等其他增值税应税项目，分别申请享受增值税即征即退、先征后退和免抵退税政策。
2.用于增值税即征即退或者先征后退项目的进项税额无法划分的，按照下列公式计算：
无法划分进项税额中用于增值税即征即退或者先征后退项目的部分＝当月无法划分的全部进项税额×当月增值税即征即退或者先征后退项目销售额÷当月全部销售额、营业额合计
69号公告取消了对可享受增值税即征即退优惠的纳税人进行先评估后退税的管理程序。但是，对即征即退增值税应纳税额的计算和增值税纳税申报又是一个不能轻视的环节。通过增值税申报表的设置可以看出，对其收入、销项、进项、留抵、应纳税额等均需要单独列示，在实际操作中，税务部门也要求对即征即退货物或劳务应缴纳的税款单独开具增值税缴款书。
除此之外，个别地区也作出更加明确和方便操作的规定。如《上海市国税局关于加强即征即退货物及劳务纳税申报管理的通知》（沪国税流〔2007〕8号）第一条规定，新征管系统实施后，对增值税即征即退货物及劳务必须在《增值税纳税申报表（适用于一般纳税人）》主表“即征即退货物及劳务”栏按规定分列申报。对本市执行福利企业试点（新）政策的纳税人，一律在“即征即退货物及劳务”栏填报。其中，“即征即退货物及劳务”栏中的“进项税额”等填报口径仍按现行规定执行。在新征管系统实施的第一个月，纳税人应对“上期留抵税额”进行“一般货物及劳务”和“即征即退货物及劳务”的拆分，并报主管税务机关审批。各主管税务机关应加强审核，对拆分不合理或者依据不实的，可以按销售额比例拆分留抵税额。即征即退货物及劳务应按“即征即退货物及劳务”栏下的第三十四行“本期应补（退）税额”单独开具增值税缴款书，实际即征即退税额不得大于该缴款书开具的增值税税额。第三十五行“即征即退实际退税额”填报当月实际收到的即征即退税额（包括调整数）。
《北京市国税局转发〈财政部、国家税务总局关于资源综合利用及其他产品增值税政策的通知〉的通知》（京国税发〔2009〕9号）规定，享受增值税优惠政策的纳税人（以下简称“享受即征即退优惠的纳税人”），应单独核算享受增值税优惠政策货物的销售额，其中增值税一般纳税人应单独设置“应交税金——应交增值税”、“应交税金——未交增值税”明细账，以核算享受优惠政策货物的销项税额、进项税额、已缴税金、未缴税金等，相应的即征即退产品业务在进行纳税申报时应在《增值税纳税申报表》的“即征即退货物及劳务”栏内单独填列。未单独核算或未能准确核算的，不得享受优惠政策。
因此，纳税人日常发生的增值税即征即退项目要严格按规定比例分摊进项税额，一般货物及劳务和即征即退货物及劳务需要分别核算和申报，防止发生将属于即征即退项目负担的进项税额计入一般货物及劳务的进项税额中，导致人为少缴纳增值税情况的发生。
