1、注重账簿审计的同时，千万别忽视实际项目的审计。
审计往往只是将被审计单位的专项资金收支总账、明细账和记账凭证等会计资料送达审计组，审计完后即为审计结束。即使到实地查看工程，也是走马观花，没有认真丈量、记录，也没有计算材料实际用量与账面决算数所使用数量是否一致，看是否有高估冒算或实际使用量小于决算量的现象。
2、注重账面的收支凭证的同时，千万别忽视银行票据的审计。
专项资金审计的传统方法是看账面收支凭证是否合理、合法、合规，而对银行票据的真实性和银行对账单的核对工作容易忽视。由于某些配套资金不能足额到位，多数采用配套资金空运行方式，即真拨付、后转回、账面反映配套资金到位了，而实际上根本没有到位，在实际工作中，只要查阅开户行银行对账单所反映的收支明细与被审计单位银行账收支栏目，就可能反映同等金额的一收一支，而且时间相近；还有一种情况是被审计单位账上反映现金增加而银行对账单没有记录付出，则采用现金支票存根联入账，提款联没有取款、主观上也不想取款，客观上也无款可取。只要重视加强对银行票据系列的审核力度，弄虚作假的现象便一目了然。
3、重视资金使用的同时，千万别忽视资金使用效益。
主要看在建工程项目借方数或专项支出数，累加后与上级下达计划指标进行对比，看资金是否全部支出，全部支出即视为专项资金专款专用，没有被挤占、挪用，忽略了该项资金的使用经济效益，有的即便在审计报告中有所反映，也总是很勉强，其数据不够准确真实。形成的主要原因：一是某些地区或部门为了争取上级专项资金早日投入，项目立项具有盲目性、随意性，缺乏对当地经济社会等现实环境的可行性论证，从而降低了资金使用效益；二是工程项目竣工时间较短，还没有发挥应有的作用，效益不明显；三是由于审计人员少，时间短，根本不可能深入实地调查了解，往往是“从书本到书本”的反映效益。
4、注意资金到位率的同时，千万别忽视资金到位的时间性。
在对各项专项资金审计中，审计人员总是查找上级财政部门和主管部门联合下达的专项资金的指标文件，然后与同级财政部门专项资金额进行对比，计算资金到位率，比例大则资金足额到位，比例小则到位小，并在审计中予以评价。但是，较多当年下达的专项资金的指标，由于财力有限调剂其他用途，下拨渠道不畅等，拖欠到年底，有的甚至到第二年底才勉强拨付完毕，资金到位时间迟缓，严重影响工程项目设施建设。
以上四个环节的审计是一个有机的整体，应同等对待，相互对应，互为牵制。这样才能在专项资金审计中客观、公正、真实地反映资金收支的全貌。
