（一）内部控制系统的审计
电算化信息系统的内部控制系统由一般控制系统和应用控制系统构成。一般控制系统是对系统运行环境方面的控制；应用控制系统是指针对具体的应用系统的功能而设置的各种控制措施。对会计电算化系统内部控制的审计可以加强内部控制，完善内部控制体系。
（二）应用程序审计
应用程序的审计是电算化会计信息系统审计的重要内容，也是审计中比较困难复杂的任务。对应用程序的审计，可以对程序直接进行审查，借助于流程图，用标准的符号和图形等反映处理的逻辑；也可以通过数据进行间接测试。
（三）数据文件审计
对数据文件的审计，可以将文件的数据打印出来检查，也可以在计算机内直接进行审查，同时采用计算机软件来完成审计，降低审计风险。
（四）系统审计
系统审计是对电算化会计信息系统开发过程进行的审计，它是一种事前审计。系统开发审计实际上是审计人员参与系统的分析、设计和调试。审计人员可以借此熟悉系统的结构、原理，并对系统设计提出建设性意见。
三、实施电算化审计的建议
（一）提高审计人员的素质、培养复合型审计人员
电算化审计是综合了会计、审计和计算机的一门边缘学科，它对从业人员的素质要求更加全面。因而审计机构和会计师事务所应重视电算化审计的应用，积极引进既有审计经验又具备高层次计算机知识技能的复合型人才，同时对现有会计人员要有计划、有步骤地进行计算机的后续教育，提高他们对会计电算化系统的控制能力；另一方面要让计算机技术人员学习会计和审计的基础知识，使他们开发的电算化审计软件更科学，更有效。此外高校对审计专业的课程设置中应加大计算机程序，数据库相关方面的课程，拓宽学生的素质和能力，培养复合型审计人员。
（二）建立、完善电算化审计的软件环境
目前我国审计工作绝大多数还是手工审计，实施电算化审计的也只是停留在“使用计算机审计”的阶段，严格的说我国还没有较好的与电算化会计软件相配套的审计软件，当务之急就是开发审计软件。根据不同的信息化系统，研制适合不同计算机平台和运行环境的电算化审计软件，尤其是数据库的中国论文联盟整理挖掘，这样才能访问被审单位不同类型的数据库，从中采集审计所需的原始数据，提高电算化审计的工作效率，延长电算化审计软件的生命周期。
现有的会计电算化软件没有提供标准的数据接口或对数据结构不开放，国家应要求会计软件在开发时预留审计的数据接口，各数据库之间按审计人员的要求设定关联关系，使会计系统的数据能够快速通过接口进入审计系统，有效解决电算化审计系统中输入瓶颈问题，保证审计人员能追踪到审计线索。
