另外，《管理办法》中提到，提出认定申请的企业，其高新技术产品（服务）收入应当占当年总收入的60%以上。但《管理办法》并未阐明总收入的具体内涵（比如是否包括投资收益、补贴收入和营业外收入等），容易引发歧义。
4.《管理办法》和《管理工作指引》的某些规定有待商榷。企业收入增长可能会出现负数，如果评价企业增长的指标（如资产增长率、收入增长率）过于硬性化，可能使一些很有潜力的企业被拒之门外；在研发项目的技术判定上，讲述得不够具体、细致，对有关指标的计算也规定得比较模糊，审计人员较难判定企业的在研项目是否确为高新技术项目。
5.高新技术企业认定的宣传力度不够。由此造成的情况是：一方面，不少企业误认为高新技术企业认定的门槛较高而不敢申报。另一方面，企业对认定专项审计重视不够、不得要领，对相关政策的了解不够积极、主动。
另外，注册会计师不是高新技术领域方面的专家，往往无法识别费用是否真正用于研发活动，产品（服务）的生产与提供是否确实利用了高新技术。对特殊领域和涉及国家机密的技术合同，企业通常不愿提供。个别科技园区对园内企业进行不同程度的干预，向他们推荐一些“关系事务所”，造成不少会计师事务所和申请企业工作的被动。
