一、网上年检在实际操作中存在的问题
由于网上年检推行时间较短，基础仍不扎实，应用还不普遍，因此在实际操作过程中仍存在不少问题。
第一，企业认识不足。譬如，有些企业电话咨询中了解到网上年检速度较快，却仍带着材料前往工商所要求纸质申报;另外，有些企业网上填报数据不准确，出现企业资产负债表、利润表数据与年检报告书不符的情况。
第二，网络系统存在缺陷。一是外网系统导入过慢，网上年检工作要求，预审工作应在企业网上申报后5个工作日内完成，但是系统时常出现5个工作日后才能将外网申报的信息导入内网年检系统。二是内网系统不堪压力，异常情况时有发生。不仅外网系统不够完善，内网系统也时出故障，如企业在外网直接打印的材料数据信息居然与内网显示数据不符，甚至出现内网年检系统中企业的生产经营情况全部为零，在该种情况下，年检人员需要逐个校正、输入数据，办事效率不升反降，影响了年检机关形象。
第三，预审时限设定考虑不足。一些工商所辖区内的企业很多，大量企业集中在3、4月份申报网上年检，企业预审信息密集涌进，而预审时间要求控制在5个工作日内，工商所有时穷全所之力亦难以应付。
第四，财务数据名称不一，申报人员无所适从。此外，很多企业填写信息不完整，从而在实际受理过程中企业被退回重新填写信息的情况时有发生。
二、推广普及网上年检的几点建议
一要通过网络、报纸等途径将“网上年检”的重要性、注意事项、申报流程等内容，广泛向企业和社会宣传，并设立电话咨询专线，安排专人接听，随时解答企业咨询，为企业提供咨询服务。
二要加强与经济小区的联系，通过经济小区在行使企业管理职能时宣传网上年检的重要性和便捷性，引导企业进行网上年检。
三要在企业登记注册时发放新设企业须知事项宣传小册子，并对操作步骤进行详细的解释，使得企业理解网上年检的各种好处，并能够自行操作申报系统。
四要在市局门户网站的年检页面清晰位置放上网上申报流程的动画或者图片，使得申报过程可以被更好地理解和操作。
此外要完善网络系统，大幅度提高运行速度;要实行“分片，分时”举措。与经济小区沟通，平衡每日流量;要加强网络系统整合，信息采集内容设置应更科学合理。
