通过纳税调整将不征税收入及其形成的支出从应纳税所得额中分离出来，再将免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目从收入总额中剔除，在此基础上，将应税收入与成本、费用、税金、损失和其他支出按照税法口径匹配，计算应纳税所得额，进而计算应纳税额或结转亏损的数额。不征税收入和免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目与企业亏损无关。
无论免税项目所得还是不征税项目所得，都不可以弥补以前年度亏损。应税项目与免税项目（包括不征税项目）不能互相调剂补亏。
既然不征税收入与企业亏损无关，因此，假使存在亏损，不征税收入仍然不能用于弥补亏损。
不征税收入改变用途，其对应支出不能税前扣除
财政部、国家税务总局关于进一步鼓励软件产业和集成电路产业发展企业所得税政策的通知（财税﹝2012﹞27号）规定，符合条件的软件企业按照《财政部、国家税务总局关于软件产品增值税政策的通知》（财税﹝2011﹞100号）规定取得的即征即退增值税款，由企业专项用于软件产品研发和扩大再生产并单独进行核算，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。《财政部、国家税务总局关于核电行业税收政策有关问题的通知》（财税﹝2008﹞38号）规定，自2008年1月1日起，核力发电企业取得的增值税退税款，专项用于还本付息，不征收企业所得税。
财税﹝2012﹞27号对软件企业取得的即征即退增值税款作为不征税收入，只能用于软件产品开发和扩大再生产，并且单独核算，否则，软件企业取得的退税款，须并入应纳税所得额，计算缴纳企业所得税，对应的支出不能在企业所得税前扣除。
财税﹝2008﹞38号文件对核电行业收到的增值税退税款作为不征税收入，只能用于还本付息，并且单独核算，否则，核电行业收到的增值税退税款，须并入应纳税所得额，计算缴纳企业所得税，对应的支出不能在企业所得税前扣除。
值得注意的是，税法明文规定的不征税收入在特殊情况下可转化成应税收入，其对应的支出可以在税前扣除。
形成的研发支出和无形资产摊销不允许税前扣除
国家税务总局关于印发《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》的通知（国税发﹝2008﹞116号）第七条规定，研发费用计入当期损益未形成无形资产的，允许再按其当年研发费用实际发生额的50%，直接抵扣当年的应纳税所得额；研发费用形成无形资产的，按照该无形资产成本的150%在税前摊销。除法律另有规定外，摊销年限不得低于10年。
从该通知附件“研发项目可加计扣除研究开发费用情况归集表”中看，国家税务总局规定将企业收到的专项拨款单独列示，是充分考虑到企业收到资金进入资金池后，无法区分此类资金形成的支出哪些是征税收入形成的，哪些不是征税收入形成的，但为了计算和填表简化，将收到的拨款视同形成了等额的支出，在计算加计扣除时从中扣减。
《财政部、国家税务总局关于中关村、东湖、张江国家自主创新试点地区和合芜蚌自主创新综合试验区有关研究开发费加计扣除试点政策的通知》（财税﹝2013﹞13号）附件“研发项目可加计扣除研究开发费用情况归集表”中，仍然继承了《企业所得税法》及其实施条例和国税发﹝2008﹞116号文不征税收入形成的支出不能税前扣除的精髓。
另外，企业取得的财政拨款等不征税收入形成的研究开发支出，是国家支持企业创新给予的财力物力支持，是与企业正常生产经营活动无关的支出，不能在企业所得税前扣除，更不能加计扣除。
