（二）对开发土地和新建房及配套设施的成本（简称开发成本）中的土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用等支出。
房地产开发成本中公共配套设施费的扣除范围确认，以房地产开发中必须建造、但不能有偿转让的非营利性的社会公共事业设施所发生的支出确定。非营利性的社会公共事业设施主要是指：物业办公场所、变电站、热力站、水厂、居委会、派出所、托儿所、幼儿园、学校、医院、邮电通讯、自行车棚、公共厕所等。由于各开发项目配套设施情况不同，必须先确定允许扣除的配套设施面积后再计算分摊。
对于成片开发分期清算项目的公共配套设施费用，在先期清算时应按实际发生的费用进行分摊。
对于后期清算时实际支付的公共配套设施费用分摊比例大于前期的金额时，允许在整体项目全部清算时，按照整体项目重新进行调整分摊。
（三）对开发土地和新建房及配套设施的费用（销售费用、管理费用、财务费用）扣除的确定，对财务费用中的利息支出凡能够按清算项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按取得土地使用权所支付的金额和房地产开发成本计算的金额之和的5％计算扣除。
对财务费用中的利息支出凡不能按清算项目计算分摊或提供金融机构利息证明的，利息不能单独扣除，房地产开发费用采用按率扣除的方法，以取得土地使用权所支付的金额和房地产开发成本计算的金额之和的10％进行计算扣除。
（四）与转让房地产有关的税金。
（五）财政部规定的其他扣除项目。
第十八条 对开发土地和新建房及配套设施的成本（简称开发成本）中的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用等，按有效凭证金额据实扣除。对纳税人进行土地增值税清算时，有下列情况之一的，应按核定办法扣除：
（一）无法按清算要求提供开发成本核算资料的；
（二）提供的开发成本资料不实的；
（三）发现《鉴证报告》内容有问题的；
（四）清算项目中的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的每平方米建安成本扣除额，明显高于北京市地方税务局制定的《分类房产单位面积建安造价表》中公布的每平方米工程造价金额，又无正当理由的。
第十九条 主管税务机关对四项成本核定扣除的，应向纳税人开具《土地增值税四项成本核定通知书》（附件11）。
第二十条 地方税务机关根据建设部门定期公布的建安指导价格，结合商品房用途、结构等因素制定《分类房产单位面积建安造价表》，作为第十八条所列四项开发成本核定的依据。《分类房产单位面积建安造价表》及核算方法，由市地方税务局另行制定下发。
第五章 清算管理
第二十一条 各区县地方税务局要做好土地增值税的清算管理工作，认真查验和审核清算企业报送的《鉴证报告》内容及相关资料，在审查清算项目过程中因鉴证事项或其他问题需要纳税人进一步补充与清算项目相关的证明资料时，决定暂停清算，应向纳税人开具《土地增值税清算中止核准通知书》（附件7），待纳税人重新补充证明资料后，再办理税款清算手续。
第二十二条 主管地方税务机关经过清算审核后，决定对纳税人申请的清税项目不予核准的，应向纳税人开具《土地增值税清算终止核准通知书》（见附件8）。
第二十三条 主管地方税务机关经过清算审核后，决定对纳税人申请的清税项目予以核准的，应向纳税人开具《土地增值税清算核准通知书》（见附件10）。
第二十四条 主管地方税务机关应加强对清算项目的监督检查，按照本地区工作的实际情况，稽查部门可对已清算项目进行抽查检查。在清算中有下列情况的之一的，审核部门应在清算完成后将项目情况提交稽查部门，作为重点检查对象：
（一）纳税人办理清税时，发生《鉴证报告》内容不规范，退回重报的；
（二）纳税人办理清税后，根据《鉴证报告》发生退税的。
