整合形成的新五类科技计划（专项、基金等）既有各自的支持重点和各具特色的管理方式；又彼此互为补充，通过统一的国家科技管理平台，建立跨计划协调机制和评估监管机制，确保五类科技计划（专项、基金等）形成整体，既聚焦重点，又避免交叉重复。
将按照上述五类新科技计划体系对所有实行公开竞争方式的中央财政科技计划（专项、基金等）进行优化整合，不包括哲学社会科学和对中央级科研机构、高等院校等实行稳定支持的专项。
6.优化整合工作的具体实施进度
本次科技计划（专项、基金等）优化整合工作将按照整体设计、试点先行、逐步推进的原则开展，具体进度安排为：
2014年，启动国家科技管理平台建设，对部分具备条件的科技计划（专项、基金等）进行优化整合；启动重点专项试点，按照新的管理体制和运行机制选择5-10个重点专项进行试点；同时，开展有关制度建设和基础性工作，着手组建战略咨询与综合评审委员会，开展科研信用体系建设和评审专家库建设，初步建成中央财政科研项目数据库和科技报告系统。
2015-2016年，基本建成公开统一的国家科技管理平台，基本完成各类科技计划（专项、基金等）的优化整合，实现科技计划（专项、基金等）安排和预算配置的统筹协调。初步完成国家重点研发计划下设重点专项的布局，并据此编制发布2016年项目指南，按新机制组织2016年新立项目实施；同时，为确保管理改革与现有工作的有序衔接，在研项目（课题）可继续按照现有科技计划（专项、基金等）的经费渠道和管理方式组织实施。初步完成相关制度建设和基础性工作，发布联席会议议事规则、战略咨询与综合评审委员会工作规则、专业机构遴选办法、专业机构资质能力评价标准、科技计划评估和监管机制工作方案、科技计划重点专项设立规则和动态调整工作规则、有关科技计划和资金管理办法等，完善中央财政科研项目数据库和科技报告系统。
2017年，经过三年的改革过渡期，全面按照优化整合后的五类科技计划（专项、基金等）运行，现有各类科技计划（专项、基金等）经费渠道将不再保留。同时，进一步完善国家科技管理平台建设，完善科技计划（专项、基金等）和资金管理制度等各项科技管理制度，营造良好的创新环境。
