但是，《财政部、国家税务总局关于交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点若干税收政策的通知》（财税〔2011〕133号）规定，提供船舶代理服务的单位和个人，受船舶所有人、船舶经营人或者船舶承租人委托向运输服务接受方或者运输服务接受方代理人收取的运输服务收入，应当按照水路运输服务缴纳增值税。什么是船舶代理服务？文件解释是指接受船舶所有人或者船舶承租人、船舶经营人的委托，经营办理船舶进出港口手续，联系安排引航、靠泊和装卸；代签提单、运输合同，代办接受订舱业务；办理船舶、集装箱以及货物的报关手续；承揽货物、组织货载，办理货物、集装箱的托运和中转；代收运费，代办结算；组织客源，办理有关海上旅客运输业务；其他为船舶提供的相关服务。
还有会计人员问：“我取得的发票费用是为国外客户代垫代付的，认证了发票是否存在税收风险？”
税管员小陈回答道，取得增值税专用发票必须先认证，无论是否属于可抵扣范围。财税〔2011〕111号文件的附件1，即《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》（以下简称办法）第二十四条规定，有5个项目的进项税额不得从销项税额中抵扣。这与《增值税暂行条例》第十条是吻合的。
同时，作为下位法的办法，不可能违背上位法，不是试点地区的服务业，不属于应税项目，而试点地区则属于应税项目已缴纳了相对应的税款，根据增值税中性原则，非试点地区也可以凭借增值税专用发票进行认证抵扣。但是这位会计人员取得的发票，所对应的费用支出并不属于该公司的生产成本，因此不能进行进项抵扣，但开票方与收票方存在实质性的应税交易，则该公司必须进行发票认证，然后再作进项转出，否则会造成滞留发票。
