《企业所得税法》及新《营业税暂行条例》及细则实施后，总机构向分支机构收取管理费不可在税前扣除，而是按独立交易原则确认。因此，上述各地关于总机构管理费不征或免征营业税的规定自然失效。
那么，总机构向分支机构收取管理费如何缴纳营业税，我们可以就不同情况进行分析：
一、总分公司之间收取管理费的情况。新《营业税暂行条例实施细则》对“有营业税纳税义务的单位”的解释为：发生应税行为并收取货币、货物或者其他经济利益的单位，但不包括单位依法不需要办理税务登记的内设机构。该规定解决了分公司或分支机构可以单独作为纳税人问题，同时解决单位内部发生应税行为不纳税问题。内设机构通常不能单独用本机构的名义行使职权，要通过所从属的独立机构的名义来行使所赋予的职权。
因此，对总分公司之间收取管理费或服务费，对收取一方如果是不需办理税务登记的内设机构，则不缴纳营业税。
二、母子公司之间收取管理费的情况。母子公司都是法人企业，均为营业税的纳税人，相互之间提供劳务应按正常的劳务进行处理，这一点与国家税务总局《关于母子公司间提供服务支付费用有关企业所得税处理问题的通知》（国税发〔2008〕86号）的规定是一致的，对母公司向其子公司提供各项服务，双方应签订服务合同或协议，明确规定提供服务的内容、收费标准及金额等，凡按上述合同或协议规定所发生的服务费，母公司应作为营业收入申报纳税，子公司作为成本费用在税前扣除。但母公司以管理费形式向子公司提取费用，子公司因此支付给母公司的管理费，不得在税前扣除，同时对母公司自行收取的管理费，应该属于服务性质的收费，应按“服务业”税目缴纳营业税。
三、向非居民企业支付管理费的情况。根据《营业税暂行条例实施细则》第四条对境内提供条例规定的劳务的界定：提供或者接受条例规定劳务的单位或者个人在境内，因此，对中国境内企业接受境外企业的管理服务而支付的管理费，由于接受方在中国境内，也应缴纳营业税。
