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乡镇经管站（或其内设审计部门）对村组集体经济组织进行审计的模式主要依据的是1992年农业部颁布的《农村合作经济内部审计暂行规定》，以及一些省区制定的本地区农村集体经济组织审计规定来设置的，是当前最基本和最普遍的审计模式。这种模式下，对村级集体经济组织的具体审计工作由乡镇经管站承担，乡镇经管站在完成日常经管工作的同时，每年要安排一些对村级集体经济组织的审计任务，审计人员通常不设专职，它受上级农业经管部门和乡镇政府双重领导。乡镇政府内单独设置审计机构对村级集体经济组织进行审计的模式与第一种模式相比是个进步，但在实践中比较少见。
二、农村集体经济组织现有审计模式之缺陷
第一，现有农村集体经济审计没有解决农村集体经济组织成员与经营者之间信息不对称的问题。农村集体资产与其他公有资产一样，其产权有—个基本矛盾。这一矛盾使得农村集体资产管理必须通过某一组织来实现，村集体经济组织作为辖区内成员的当然代表，管理和使用农村集体资产、村民作为农村集体资产的最终所有者，是委托人，而村集体经济组织则是代理人，村民需要通过审计手段来了解村集体经济组织，而不对村民负责。作为集体资产的所有者，广大农民群众却无权看到对集体经济组织的审计结论，无法了解组织的经营和财务情况，信息不对称现象依然无法解决，产生了财产所有者、受托经营者和受托监督人三者之间关系错位的怪现象。长此下去，这将导致农民群众对政府失去信心，导致农村审计权威和信誉的丧失。
第二，农村集体经济组织审计性质模糊，独立性差。目前我国农村集体经济审计的主体是农村集体经济行政管理部门或乡镇人民政府设置的审计机构，这与内部审计相同，但它与审计对象——农村集体经济组织不存在任何隶属或利害关系，处于第三者地位，这一点又与内部审计完全不同。农村集体经济审计机构大部分是属于政府部门，审计的工作人员是代表政府的工作人员，这一点与国家审计相同，但是他们明显不是现有国家法律意义上的国家审计机关和审计机关工作人员。农村集体经济组织审计性质模糊，定位不准，成为多年来困扰农村集体经济审计的一大难题。
第三，按照现行管理体制，村级组织审计由农村经营管理部门主管，业务上接受国家审计机关指导。然而，村级组织不属于国家审计范围，审计机关对这一特殊领域缺乏实践经验，且农村经营管理部门和国家审计机关均没有专职的村级审计指导机构和人员，缺少对具体工作的经常性指导和管理，缺少对具体业务技术的研究和探索，只是通过内审协会的自治自律，这样不利于村级组织审计事业的发展、业务技术水平的提高和审计功能的发挥。
