例2，乙公司实行企业年金计划，员工张某今年2月、3月的工资分别是2400元、2800元。每月年金的企业缴费部分为1000元，张某的年金如何申报缴纳个人所得税？
2月，张某的工资与公司为其缴纳的年金之和是3400元（2400＋1000），未达到工资、薪金个人所得税费用扣除标准3500元，企业年金不需要缴纳个人所得税。3月，张某的工资与公司为其缴纳的企业年金之和是3800元（2800＋1000），超过了工资、薪金费用扣除标准3500元，应纳税所得额为300元（3800－3500），张某的年金需要申报缴纳个人所得税9元（300×3%）。
合并期限缴费的年金应纳税额多
国税函[2009]694号文件第二条第二款规定，对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的，在计税时不得还原至所属月份，均作为1个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税。因此，如果企业不是按月缴费，而选择按季度、半年或年度一次性缴费，则会因为个人所得税累进税制而使个人承担更高的税负。
续例1，假如年金企业缴费部分，该公司平时每个月不缴存，而是年终一次性缴纳，并于2011年12月一次性办理了全体职工全年的企业缴费手续，则该月李某年金应申报个人所得税4995元（2000×12×25%－1005），税负比按月缴存高出4倍多。因此，企业应尽量选择按月缴存，这是税负最轻的方式。
企业缴费未归属个人部分可申请退税
国税函[2009]694号文件第三条规定，对因年金设置条件导致的已经计入个人账户的企业缴费不能归属个人的部分，其已扣缴的个人所得税应予以退还。具体计算公式如下：应退税款＝企业缴费已纳税款×（1－实际领取企业缴费÷已纳税企业缴费的累计额）。
续例1，假如该公司为李某按月缴存年金已满2年，企业缴费金额合计48000元。双方约定李某要服务5年才能拿到企业缴费100%的归属比例。今年初，李某因故提前离开企业，根据约定，李某只能领取企业缴费部分的40%（2÷5×100%），即19200元（48000×40%）。此时，应按如下方式计算应退税款：
2010年1月-2011年8月，年金已纳税3500元[（2000×15%－125）×20]；2011年9月~2011年12月，年金已纳税380元[（2000×10%－105）×4]，合计3880元（3500＋380）。应退税款2328元[3880×（1－19200÷48000）]。
以前年度年金应扣未扣税的补缴方法
由于国税函[2009]694号文件对以前年度企业缴费部分未扣缴税款的计算补税问题不够明确，因此9号公告规定，对企业年金企业缴费部分以前年度未扣缴税款的，在计算应补缴税款时，首先应按照每一职工月平均工资额减去费用扣除标准后的差额确定职工个人适用税率，然后按照国税函[2009]694号文件第五条规定计算个人实际应补缴税款；职工月平均工资额＝当年企业为每一职工据以计算缴纳年金费用的工资合计数÷企业实际缴纳年金费用的月份数，公式中的工资合计数不包括未计提企业年金的奖金、津补贴等；纳税年度内每一职工应补缴税款＝当年企业未扣缴税款的企业缴费合计数×适用税率－速算扣除数，公式计算结果如小于0，适用税率调整为5%，据此计算应补缴税款。
