第二：企业在从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的专项用途财政性资金时，必须取得相关部门的资金拨付证明，最好相关部门通过正式下文的方式进行资金的拨付，明确专项用途财政性资金的名称、拨付时间、用途、拨付金额、拨付企业名单等详细信息。这一点在实务中大多数企业基本能够提供。
第三：无论是财税[2009]87号还是财税[2011]70号，都要求财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求。但是，在实际税收征管中，大家会发现，很多县级以上政府部门拨付资金的文件中都只明确的专项资金的用途，并无与该专项资金配套的资金管理办法或具体管理要求。正是因为这一点，部分纳税人无法享受到专项用途财政性资金作为不征税收入处理的税收待遇。对于这个问题，主体责任可能不在纳税人，更多的在政府部门。既然政府部门给予企业专项用途财政性资金是对企业的一种扶持，我们就应该将这一政策做完善，真正使企业得到实惠。对于长期的、固定的、大额的专项财政性资金的拨付，相关部门应考虑制定一个专项资金配套的管理办法和绩效考核要求。对于短期的、非固定性的专项用途财政资金，如果实在无必要制定一个配套管理办法进行规范的，相关部门应考虑在资金拨付文件中专门明确资金的具体管理要求，哪怕只是原则性的几句话，对于企业都是有用的。
第四：对符合不征税收入条件的专项用途财政性资金以及以该资金发生的支出在会计上应单独设相关科目进行核算。实务中，这个问题企业往往容易出问题，特别是当企业有些成本费用同时用于应税收入又用于不征税收入时，如何将这些成本费用在应税收入和不征税收入间进行合理分摊，缺乏一个明确的标准。实务中各种情况比较复杂，我们也很难提出一个标准的分摊方法。但是，从管理税务风险的角度出发，对于有不征税收入的企业，在内控制度中，对这些问题要有所关注，自己应积极从合理性角度出发，制定相关的内控制度去规范这些问题的处理，及时防范这些税务风险。当税务机关发现企业已经主动注意到这些问题，并从制度上已经进行了相关处理，则会更容易认可企业的做法，避免不必要的税企争议。当然，在实务中，有些税务机关专门就专项用途财政性资金的管理提出的备案管理要求。此时，企业更应积极配合当地税务机关做好相关备案管理。
第五：由于文件规定：企业将规定条件的财政性资金作不征税收入处理后，在5年（60个月）内未发生支出且未缴回财政部门或其他拨付资金的政府部门的部分，应计入取得该资金第六年的应税收入总额。所以企业应注意对于跨期资金的管理。对于取得的符合规定条件的财政性资金，企业应按类别和取得时间在会计上进行专项核算。使用电子记账软件的企业，可以考虑对于这部分资金开发一些风险提示功能，即当这部分资金在5年（60个月）后还有余额的，软件自动提示企业要转作应税收入处理。同时，这里还要注意两个问题：第一这里的5年不是指5个纳税年度，而是指取得资金后的连续60个月内；第二，如果企业取得符合不征税收入条件的资金在第六年转作应税收入处理了，则计入应税收入总额的财政性资金发生的支出，允许在计算应纳税所得额时扣除。正是因为如此，部分税务机关对于企业取得的这部分资金还提出了专门的清算管理要求。
