权责发生制和收入与成本费用配比是在查账征收企业所得税（以下简称查账征收）情况下确认收入与成本费用的基本原则，而在按收入总额核定定率和按核定定额征收企业所得税（以下统称核定征收）的情况下，其成本费用支出额、扣除额都是不真实的，因此，当纳税人由核定征收转为查账征收后，为降低风险，减少损失，在年度汇算清缴时应当对核定征收期间结转过来的成本费用一一进行合法性、真实性、配比性分析，对在核定征收期间虚增或者应转未转、少转的成本费用不能结转到查账征收期间扣除，具体内容如下：
1．已列支应扣除未扣除的成本费用不能结转到查账征收期间扣除。如在核定征收期间未提足的固定资产、无形资产、生物资产折旧以及商品生产或者购进成本、开办费、新产品新技术研究开发费及其加计扣除部分、待摊费用、广告和业务宣传费、职工教育经费支出等等。
2．虚列的成本费用不能结转到查账征收期间扣除。包括无凭证和以非法凭证列支的成本费用，如白条、非法发票和不符合规定的发票、非资产评估机构出具的评估报告等等。
3．应列支未列支的期间费用不能结转到查账征收期间扣除。包括已开具发票未列支和实际业务已发生但未开具发票也未列支两部分，如：管理费用、销售费用、财务费用以及应由已售出货物或已提折旧负担的应记入成本的采购费用、运输费用、维护维修费用等等。
4．遗留事项，包括以下内容：
（1）对外投资应分配未分配的亏损、待处理损失（含2009年以前发生的尚未处理的权益性股权投资损失）。
（2）未抵免的从其直接或者间接控制（20%以上股份）的外国企业分得的来源于中国境外的股息、红利等权益性投资收益已由外国企业在境外实际缴纳的所得税税额中属于该项所得负担的部分。
（3）应缴未缴的基本养老保险费、基本医疗保险费、补充养老保险费、补充医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等基本社会保险费和住房公积金。
因此，除上述之外，在保证结转的成本、费用合法、准确、及时，并在核定征收期间已足额扣除的情况下，结转到查账征收期的下列成本费用准许在所得税前扣除：
1．固定资产、无形资产、生物资产折旧。
2．原材料、库存商品以及在产品成本。
3．超过扣除限额后结转的职工教育经费支出。
4．超过扣除限额后结转的广告费和业务宣传费。
5．2008年1月1日前按照原企业所得税法规定计提的各类准备金，转为查账征收后，未经财政部和国家税务总局核准的，企业实际发生的相应损失，应先冲减各项准备金余额，然后再按税法规定记入当年损益。
6．居民企业来源于中国境外的应税所得以及非居民企业在中国境内设立机构、场所取得发生在中国境外但与该机构、场所有实际联系的应税所得已在境外缴纳的所得税税额，已按规定抵免后需要在以后五个年度内用每年度抵免限额抵免当年应抵税额后的余额抵补且未超过抵免期限应抵免的数额。
