（3）总机构设立具有独立生产经营职能部门，且具有独立生产经营职能部门的经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。
（4）总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照《办法》第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。
3、不能就地预缴税款的分支机构。
（1）具有独立生产经营职能部门与管理职能部门的经营收入、职工工资和资产总额不能分开核算的，不能视同一个分支机构，不就地预缴企业所得税。
（2）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的二级及以下分支机构，不就地预缴企业所得税。
（3）上年度认定为小型微利企业的，其分支机构不就地预缴企业所得税。
（4）新设立的分支机构，设立当年不就地预缴企业所得税。
（5）撤销的分支机构，撤销当年剩余期限内应分摊的企业所得税款由总机构缴入中央国库。
（6）企业在中国境外设立的不具有法人资格的营业机构，不就地预缴企业所得税。企业计算分期预缴的所得税时，其实际利润额、应纳税额及分摊因素数额，均不包括其在中国境外设立的营业机构。
4、以前年度亏损的弥补。
总机构和分支机构2007年及以前年度按独立纳税人计缴所得税尚未弥补完的亏损，允许在法定剩余年限内继续弥补。
5、预缴比例的确定。
（1）总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。
（2）扣除总机构直接管理的项目部预缴的税款后，其他应汇总缴纳的企业所得税税款由总机构和分支机构应分期预缴，50%在各分支机构间分摊预缴，50%由总机构预缴。总机构预缴的部分，其中25%就地入库，25%预缴入中央国库，分支机构预缴的税款数额，由总机构按全部应预缴税款的50%计算确定后，于每月或季度终了后10日内通知给各分支机构，具体确定方法如下：
某分支机构分摊比例＝0.35×（该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和）＋0.35×（该分支机构工资总额/各分支机构工资总额之和）＋0.30×（该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和）
