其实，这是对上述两个文件的误读。两个文件规定企业享受优惠政策时“不得叠加享受，且一经选择，不得改变”的规定，是限于企业所得税过渡优惠政策与《企业所得税法》及其实施条例中规定的定期减免税和减低税率类的税收优惠。而《企业所得税法》及其实施条例中规定的其他各项税收优惠，凡企业符合规定条件的，可以同时享受。
例如，2007年底前设立的软件生产企业和集成电路生产企业，经认定取得高新技术企业资格后，就可以享受高新技术企业的税收优惠。同时按照《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）的规定，还可以享受企业所得税定期减免税优惠政策。该文件明确，根据新《企业所得税法》的规定，我国境内新办软件生产企业经认定后，自获利年度起，第一年和第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。这种情况下，软件生产企业“两免三减半”的优惠也应该是新《企业所得税法》下的优惠。
69号文件第二条第二款规定：“企业所得税法及其实施条例中规定的各项税收优惠，凡企业符合规定条件的，可以同时享受”。也就是说，上述软件生产企业和集成电路生产企业，可以同时享受高新技术企业税收优惠和企业所得税“两免三减半”的优惠。
误区四：各项补贴不区分收入性质
由于高新技术企业受到国家有关部门和各级政府的大力支持，各种名目的补贴往往比较多。例如，各种税收返还、财政奖励、技术创新奖励、专项研发项目补助等。但很多企业汇算清算时往往不区分各项补贴的收入性质，误把应税收入认为是不征税收入或免税收入，把不征税收认为是免税收入。
不征税收入是我国新《企业所得税法》中新创设的一个概念，是指从企业所得税原理上讲应永久不列入征税收入的范畴。根据规定，不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除；用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。
免税收入是一种税式支出，其本身已构成应税收入，但基于税收优惠政策而予以免除。它是国家根据经济政策目标的需要，在一定时间内免予征税，而在一定时期又可能恢复征税的收入，其支出允许税前列支。根据新《企业所得税法》第二十六条规定，免税收入分为以下四类：国债利息收入，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益，符合条件的非营利组织的收入等。
因此，各项补贴收入性质认定是否正确，影响着应税收入、税前扣除项目、应纳税所得等的计算，最终影响应纳税额的正确与否，值得高新技术企业高度关注。此外，与研究开发活动相关的补贴，享受加计扣除时也要剔除，这也值得关注。
