现代内部审计的内容主要可分为以财务活动为对象的内部财务审计和以经营管理活动为对象的经济效益审计两大类。但在具体实施审计时，二者又是互相联系、交叉、渗透的。内部审计人员正是通过对这两部分内容的联系审计来促进审计工作目标的实现的。一般地，内部审计工作的内容包括以下几部分。
一、财政、财务收支审计
与外部审计相比，内部审计实施的财政财务收支审计仅限于对本部门、本单位及所属各部门、各单位财政财务收支进行的真实、合法和效益审计。由于各部门、各单位的资金来源状况及资产、负债管理情况不尽相同，内部审计的重点也各不相同。对有国家财政资金介入的部门、单位，不仅要审查其自身财务状况，还须重点检查财政资金的使用渠道和使用方向。
1.行政单位的内部财政财务收支审计，重点是各级国家权力机关、行政机关、审判机关、检察机关、各党派、社会团体及其在境外的派出机构的行政经费、罚没收入和行政性收费的真实、合法和效益性。
2.事业单位的内部财政财务收支审计，重点是各项事业经费收支的真实、合法和效益性，包括用于科学、教育、文化、卫生、广播影视、地震、体育、民政、外交及农业、工业、交通、邮电通讯、商业贸易、工商行政、商品检验等各项事业发展的经费。这里，既包括财政预算拨款的审查，也包括财政预算外安排的各项资金、事业周转金和事业性收费的审查。
3.企业单位（包括金融企业）的内部财政财务收支审计，重点是其资产、负债和损益的真实、合法和效益性。审查的主要内容：企业制定的各项制度是否符合国家有关法律法规的要求；企业一定时期内拥有的资产、承担的债务、经营成果及其分配情况的真实、合法性；企业占有的国有资产的安全、完整和保值增值情况。
二、经济效益审计
财政财务收支审计是内部审计的基础，经济效益审计则是内部审计发展到现阶段的特殊内容。而且，随着市场经济竞争的加剧，质量和效益已成为每个企业发展的直接决定力；通过内部审计找出经营管理中存在的问题，提出改进措施，以提高经济效益，也成为企业管理者设置内部审计机构和人员的主要目的。内部审计人员在财务收支审计的基础上进行效益审计，有许多方便之处：一是熟悉本单位情况，可以有针对性地做深入细致的调查工作；二是有足够的时间深入生产经营的各个环节，及时取得有关资料和信息；三是内部审计的相对独立地位，有利于提供客观、真实、可靠的信息，更好地为改善本部门或本单位的经营管理、提高经济效益服务。
