主管研发机构退税的国家税务局负责研发机构采购国产设备退税的认定、审核审批及监管工作。
采购国产设备适用退还增值税政策的研发机构范围和设备清单范围，按财税[2009]115号文件相关规定执行。
享受采购国产设备退税的研发机构，应在申请办理退税前持以下资料向主管退税税务机关申请办理采购国产设备的退税认定手续。
（一）企业法人营业执照副本或组织机构代码证（原件及复印件）；
（二）税务登记证副本（原件及复印件）；
（三）退税账户证明；
（四）税务机关要求提供的其他资料。
本办法下发前已办理出口退税认定手续的，不再办理采购国产设备的退税认定手续。
研发机构发生解散、破产、撤销以及其他依法应终止采购国产设备退税事项的，应持相关证件、资料向其主管退税税务机关办理注销认定手续。已办理采购国产设备退税认定的研发机构，其认定内容发生变化的，须自有关管理机关批准变更之日起30日内，持相关证件、资料向其主管退税税务机关办理变更认定手续。
属于增值税一般纳税人的研发机构购进国产设备取得的增值税专用发票，应在规定的认证期限内办理认证手续。2009年12月31日前开具的增值税专用发票，其认证期限为90日；2010年1月1日后开具的增值税专用发票，其认证期限为180日。未认证或认证未通过的一律不得申报退税。
研发机构应自购买国产设备取得的增值税专用发票开票之日起180日内，向其主管退税税务机关报送《研发机构采购国产设备退税申报审核审批表》（见附件）及电子数据申请退税，同时附送以下资料：
（一）采购国产设备合同；
（二）增值税专用发票（抵扣联）；
（三）付款凭证；
（四）税务机关要求提供的其他资料。
不属于独立法人的公司内设部门或分公司的外资研发中心采购国产设备，由总公司向其主管退税税务机关申请退税。
主管退税税务机关对已办理退税的增值税专用发票应加盖“已申报退税”章，留存或退还企业并按规定保存，企业不得再作为进项税额抵扣凭证。
研发机构已退税的国产设备，由主管退税税务机关进行监管，监管期为5年。监管期内发生设备所有权转移行为或移作他用等行为的，研发机构须按以下计算公式，向主管退税税务机关补缴已退税款。
应补税款=增值税专用发票上注明的金额×（设备折余价值÷设备原值）×适用增值税税率
设备折余价值=设备原值-累计已提折旧
设备原值和已提折旧按企业会计核算数据计算。
